O CEMBIO é uma plataforma multiusuário que fornece a técnica de espectrometria de massas para a comunidade científica da UFRJ, bem como outras instituições de pesquisa pública e privada. Hoje contamos com quatro espectrômetros de massas de última geração da marca Bruker e dois cromatógrafos de alta eficiência da marca Shimadzu, destinados a análise qualitativa e quantitativa de compostos. Dentre tais equipamentos, o Solarix XR é o espectrômetro de maior poder de resolução da América Latina, com aplicações na caracterização de biomoléculas, produtos tecnológicos e imageamento de compostos em materiais por MALDI-Imaging. Também dispomos de estrutura para preparo de amostra para análise proteômica e para cortes histológicos.

Endereço: Avenida Carlos Chagas Filho, 373, Bloco C (Subsolo) – Sala C0-031, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF) – CCS, Cidade Universitária – Ilha do Fundão, Rio de Janeiro – RJ, CEP: 21941-902.

Contato do CEMBIO:

• E-mail: cembio@biof.ufrj.br
• Telefone: +55 21 3938-6511

REGIMENTO INTERNO

Capítulo I

Do órgão e sua finalidade

Artigo 1º – O Centro de Espectrometria de Massas de Biomoléculas, abreviado como CEMBIO, é uma central analítica trans-departamental que visa prestar serviços na área de espectrometria de massas e auxiliar as diversas linhas de pesquisa, apresentando como objetivos gerais:

I – Oferecer a comunidade acadêmica uma ferramenta confiável para desenvolvimento de projetos na área de pesquisa;

II – Atender todos os usuários de forma isonômica e oferecer qualidade e confiabilidade nos resultados entregues;

III – Ser auto-sustentável e, para isso, fazer o rateio dos custos de serviços realizados na unidade e de manutenção da sua estrutura, com o apoio administrativo de uma Fundação;

IV – Mapear a necessidade dos usuários e investir, sempre que possível, no aperfeiçoamento de toda estrutura.

Capítulo II

Da localização

Artigo 2º – O CEMBIO encontra-se na sala 31, no subsolo do Bloco C do Centro de Ciências da Saúde (CCS) da Universidade Federal do Rio de Janeiro, Ilha do Fundão.

Capítulo III

Do serviço prestado

Artigo 3º – O CEMBIO presta à comunidade científica serviços de análise de amostras diversas por espectrometria de massas, ressalvada a viabilidade técnica e operacional.

Artigo 4º – A interpretação de resultados e o planejamento experimental das amostras não fazem parte dos serviços prestados pelo CEMBIO, sendo esses de responsabilidade do usuário.

Capítulo IV

Da estrutura organizacional

Artigo 5º – A estrutura física do CEMBIO, bem como a aquisição dos espectrômetros de massas, é resultado do investimento e comprometimento de seis programas de pós-graduação da UFRJ, denominadas unidades mantenedoras, a saber:

I – Pós-graduação em Ciências Biológicas (Biofísica) do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho;

II – Pós-graduação em Ciências Biológicas (Fisiologia) do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho;

III – Pós-graduação em Microbiologia do Instituto de Microbiologia Paulo de Góes;

IV – Pós-graduação em Farmacologia e Química Medicinal do Instituto de Ciências Biomédicas;

V – Pós-graduação em Ciências Farmacêuticas da Faculdade de Farmácia;

VI – Pós-graduação em Química Biológica do Instituto de Bioquímica Médica.

Artigo 6º – O Comitê gestor do CEMBIO é formado por membros representantes das unidades mantenedoras, e seus respectivos suplentes, da seguinte forma:

I – Coordenador geral do CEMBIO, docente pertencente ao Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho;

II – Docente indicado pela coordenação de pós-graduação em Ciências Biológicas (Biofísica);

III – Docente indicado pela coordenação de pós-graduação em Ciências Biológicas (Fisiologia);

IV – Docente indicado pela coordenação de pós-graduação em Microbiologia;

IV – Docente indicado pela coordenação de pós-graduação em Farmacologia;

V – Docente indicado pela coordenação de pós-graduação em Ciências Farmacêuticas;

VII – Docente indicado pela coordenação de pós-graduação em Química Biológica;

VIII – Tecnólogos lotados no CEMBIO.

Artigo 7º – O corpo técnico do CEMBIO é formado por técnicos e tecnólogos especializados na técnica de espectrometria de massas.

Artigo 8º – A renovação do comitê gestor ocorrerá a cada 3 anos, sem número limite para reconduções.

Artigo 9º – A escolha do coordenador geral do CEMBIO será feita pelo próprio comitê gestor, levando em consideração a sua qualificação técnica.

Artigo 10 – O coordenador Geral terá mandato com duração de três anos e pode ser reconduzido mediante aprovação do comitê gestor, sem número limite para reconduções.

Parágrafo único – A escolha do Coordenador Geral será submetida à aprovação do Conselho Deliberativo dos Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF).

Capítulo V

Dos deveres

Artigo 12 – Ao coordenador geral cabe:

I – Supervisionar o trabalho dos tecnólogos;

II – Responder oficialmente pelo CEMBIO;

III – Auxiliar os tecnólogos na aquisição de material, questões técnicas de manutenção dos equipamentos e outros aspectos relacionados ao gerenciamento da Unidade;

IV – Transmitir devidamente todas as questões pertinentes ao comitê gestor.

Artigo 13 – Aos membros do comitê gestor cabe:

I – Supervisionar e avaliar a gestão do coordenador geral;

II – Participar da constante melhoria da unidade no que diz respeito à qualidade e confiabilidade dos resultados;

III – Aprovar o acesso aos usuários e/ou colaboradores que desejem acompanhar as análises realizadas no CEMBIO;

IV – Deliberar sobre os assuntos e demandas que não estão contempladas pelo Regimento Interno do CEMBIO.

Artigo 14 – Aos tecnólogos cabe o gerenciamento do CEMBIO, caracterizado como:

I – Operação e manutenção ordinária dos equipamentos;

II – Manutenção e organização da unidade, com a aquisição de materiais e solicitação de serviços de manutenção necessários para tal;

III – Cadastramento dos usuários;

IV – Recepção e análise das amostras dos usuários nos equipamentos, bem como entrega de resultados;

V – Controle dos custos operacionais das análises;

VI – Comunicação e gestão financeira junto à Fundação de Apoio;

VII – Orientação dos usuários quanto as regras de funcionamento do CEMBIO, ao preparo de amostra e à viabilidade técnica das análises de interesse;

VIII – Proposição e implementação de novas metodologias de análise.

Parágrafo 1o. – É facultado aos tecnólogos o estabelecimento de colaborações científicas junto aos usuários, o que será considerada uma atividade independente de suas funções junto ao CEMBIO e, assim, não devendo prejudicá-las.

Parágrafo 2o. – As colaborações decorrentes das atividades ligadas diretamente ao CEMBIO deverão ser comunicadas e previamente autorizadas pelo coordenador do CEMBIO.

Capítulo VI

Do acesso

Artigo 15 – O acesso ao CEMBIO é restrito ao coordenador da unidade, aos técnicos e tecnólogos responsáveis pelo centro e pelos pesquisadores colaboradores, mediante aprovação prévia do Comitê Gestor.

Parágrafo único – O acesso é definido como livre trânsito nas dependências do CEMBIO. Pesquisadores colaboradores não terão livre acesso à sala dos espectrômetros de massas.

Artigo 16 – Os usuários não poderão acompanhar as atividades da unidade, salvo em caso de necessidade por questões técnicas, definidas pelos tecnólogos ou por determinação do comitê gestor.

Artigo 17 – O usuário que desejar acompanhar as análises de suas amostras ou desenvolver metodologias analíticas que demandem acesso contínuo ao CEMBIO deverá enviar um e-mail para o coordenador do CEMBIO com as justificativas devidas, a fim de serem encaminhadas ao comitê gestor para a apreciação deste.

Artigo 18 – A aprovação da demanda será condicionada aos seguintes critérios:

I – O usuário deve apresentar conhecimento prévio sobre espectrometria de massas e/ou cromatografia líquida, de modo a não onerar o tempo dispendido pelos tecnólogos e, consequentemente, as atividades do centro de forma geral;

II – O usuário deve estar presente apenas no desenvolvimento de método (enquanto as amostras ainda se caracterizem como “amostras teste”) e/ou se as análises demandarem seu conhecimento científico e técnico para a interpretação em tempo real do dado e/ou melhoramento do resultado obtido;

III – Não será admitida a presença de mais de 2 usuários acompanhando suas respectivas análises por dia;

IV – O usuário não deve prejudicar a rotina de atividades do CEMBIO, ou seja, a assistência ao usuário não deve impactar negativamente nos prazos estabelecidos de entrega de resultados;

V – Se os tecnólogos observarem o descumprimento de quaisquer dos critérios acima mencionados, tal fato será reportado ao coordenador do CEMBIO e, caso o descumprimento permaneça, caberá ao Comitê Gestor a tomada de providências cabíveis.

Capítulo VII

Dos usuários

Artigo 19 – As pessoas interessadas em serem usuários do CEMBIO deverão preencher formulário de cadastramento, disponível no site, no CEMBIO ou a ser disponibilizado por e-mail mediante solicitação.

Parágrafo 1º – Somente poderão se cadastrar como usuários responsáveis professores, pesquisadores, tecnólogos, tecnologistas de instituições de ensino e/ou pesquisa e funcionários de empresas.

Parágrafo 2º – Alunos de pós-graduação e quaisquer indivíduos vinculados aos usuários responsáveis previamente cadastrados constarão como usuários do CEMBIO.

Parágrafo 3º – A entrega de amostras por estes usuários será aceita pelos tecnólogos da unidade apenas mediante apresentação do formulário de solicitação de análise constando a assinatura dos usuários responsáveis.

Artigo 20 – Os usuários do CEMBIO serão identificados conforme número de CADASTRO contendo 08 algarismos distribuídos em 04 grupos de dois algarismos. Cada um deles representará respectivamente a classe do usuário, a instituição e pós-graduação do pesquisador, o código do pesquisador e o ID do orientado.

Parágrafo único – Existem 05 classes de usuários conforme a tabela abaixo:

Capítulo VIII

Dos pesquisadores colaboradores

Artigo 21 – Os pesquisadores colaboradores são pesquisadores que assessoram os usuários do CEMBIO em aspectos como preparação de amostras por espectrometria de massas e análises dos resultados.

Artigo 22 – Serão admitidos como colaboradores do CEMBIO pesquisadores com formação e experiência adequadas e ratificados pelo comitê gestor, sendo por este definidas as permissões de acesso e de atividades realizadas por aqueles.

Artigo 23 – É vedado aos pesquisadores colaboradores:

I – O uso independente dos espectrômetros de massas e cromatógrafos, sem prévia autorização do Comitê Gestor;

II – O uso de outros equipamentos e materiais sem autorização dos tecnólogos;

III – Responder pelo CEMBIO, bem como exercer a função dos tecnólogos;

IV – Prejudicar o funcionamento de rotina do CEMBIO.

Capítulo IX

Do rateio dos custos

Artigo 24 – Os custos de funcionamento do CEMBIO serão rateados entre os usuários, e serão estabelecidos com base no tipo de análise, no número de amostras e/ou no tempo de uso do equipamento.

Artigo 25 – O rateio é baseado em estimativas feitas pelo coordenador e pelos tecnólogos do CEMBIO no que diz respeito ao consumo de reagentes e materiais e ratificado pelo Comitê Gestor.

Artigo 26 – As análises de usuários externos à UFRJ serão realizadas como prestação de serviço, com interveniência de uma Fundação de Apoio à Pesquisa, que administrará os recursos financeiros oriundos desta prestação.

Capítulo X

Do atendimento ao público

Artigo 27 – O horário de atendimento para recepção de amostras será afixado na entrada do CEMBIO, assim como constará nas regras de funcionamento da Unidade, e deve ser respeitado pelos usuários.

Parágrafo único – Atendimentos fora do horário estabelecidos devem ser feitos somente mediante marcação prévia de horário com os tecnólogos.

Artigo 28 – A entrega de resultados só poderá ser feita mediante apresentação de ficha de solicitação de análise, devidamente preenchida e assinada pelo usuário responsável pelo cadastro, no horário de atendimento do CEMBIO.

Parágrafo único – As amostras, cujo procedimento de análise não esteja estabelecido no CEMBIO, serão consideradas testes até que a análise esteja otimizada,  não sendo consideradas no rateio a menos que os usuários solicitem os resultados dos testes.

Capítulo XI

Da liberação dos resultados

Artigo 29 – Os resultados gerados pelas análises somente serão enviados aos usuários após a quitação do valor investido para execução das mesmas, ou após o desconto em crédito pré-existente.

Artigo 30 – Os resultados serão enviados por e-mail ou gravados em mídia digital fornecida pelos usuários.

Artigo 31 – Os dados brutos das análises serão mantidos pelo CEMBIO por um prazo de até dois anos, sendo descartados após esse prazo.

Capítulo XII

Da forma de avaliação

Artigo 32 – O CEMBIO será avaliado periodicamente pelos usuários e pelas unidades mantenedoras representadas pelos membros do comitê gestor.

Parágrafo único – A avaliação levará em conta parâmetros como tempo de análise, qualidade do serviço e atendimento.

Artigo 33 – O comitê gestor avaliará anualmente o funcionamento do CEMBIO, aprovando ou não a gestão do coordenador geral.

Capítulo XIII

Disposições Gerais

Artigo 34 – Os usuários poderão solicitar resumo do balanço administrativo/financeiro para consulta.

Artigo 35 – Quaisquer questões não abordadas nesse Regimento Interno serão apreciadas e deliberadas pelo Comitê Gestor.

O Regimento Interno também pode ser baixado clicando no link a seguir: Regimento Interno CEMBIO final_1119

Sociedades de Espectrometria de Massas:

Sociedade Americana de Espectrometria de Massas: https://www.asms.org/about-mass-spectrometry

Sociedade Brasileira de Espectrometria de Massas: http://www.brmass.com

Sociedade de Imageamento por Espectrometria de Massas: https://ms-imaging.org/wp/

Bancos de dados:

Uniprot: https://www.uniprot.org/

The Human Metabolome Database: http://www.hmdb.ca/

LIPID MAPS Lipidomics Gateway: https://www.lipidmaps.org/

GNPS: https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/index.jsp

ChemSpider, chemical structure database: http://www.chemspider.com/

Consortium for Functional Glycomics: http://www.functionalglycomics.org/glycomics/molecule/jsp/carbohydrate/carbMoleculeHome.jsp

Lista de contaminantes comuns em MS: https://proteomicsresource.washington.edu/docs/protocols05/UWPR_CommonMassSpecContaminants.xls

Ferramentas online:

Mascot MS/MS search: http://mascot-server/mascot/cgi/search_form.pl?FORMVER=2&SEARCH=MIS

Peptide Mass, preditor de peptídeos gerados por digestão para sequenciamento de proteína: https://web.expasy.org/peptide_mass/

Softwares livres:

mMass, software para análise de espectros de massas: http://www.mmass.org/

MZmine, software para análise de dados LC-MS: http://mzmine.github.io/

Skyline, software para análise de dados LC-MS: https://skyline.ms/project/home/begin.view?

Glycoworkbench, software para análise de glicanos: https://code.google.com/archive/p/glycoworkbench/

Artigos úteis:

Mellacheruvu D. et al. (2013)The CRAPome: a contaminant repository for affinity purification–mass spectrometry data. Nature Methods 10, 730-736.

Struwe WB et al. (2016) The minimum information required for a glycomics experiment (MIRAGE) project: sample preparation guidelines for reliable reporting of glycomics datasets. Glycobiology, 26:907-910.

Kolarich D. et al. (2013) The Minimum Information Required for a Glycomics Experiment (MIRAGE) Project: Improving the Standards for Reporting Mass-spectrometry-based Glycoanalytic Data. Mol. Cell Proteomics, 12:991-995

Martínez-Bartolomé S. et al. (2014) The Minimal Information about a Proteomics Experiment (MIAPE) from the Proteomics Standards Initiative. Methods Mol Biol, 1072:765-80.

Artigos publicados usando o CEMBIO:

• Vieira ER, Xisto MIDDS, Pele MA, Alviano DS, Alviano CS, Barreto-Bergter E, de Campos-Takaki GM (2018) Monohexosylceramides from Rhizopus Species Isolated from Brazilian Caatinga: Chemical Characterization and Evaluation of Their Anti-Biofilm and Antibacterial Activities. Molecules, 23(6): E1331. DOI: 10.3390/molecules23061331.

https://www.mdpi.com/1420-3049/23/6/1331/htm

• Calixto RO, Rollin-Pinheiro R, da Silva MI, Liporagi-Lopes LC, Vieira JM, Sassaki GL, Barreto-Bergter E (2016) Structural analysis of glucosylceramides (GlcCer) from species of the Pseudallescheria/Scedosporium complex. Fungal Biol., 120(2): 166-172. DOI: 10.1016/j.funbio.2015.05.007.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1878614615000975?via%3Dihub

• Vila T, Nazir R, Rozental S, Dos Santos GM, Calixto RO, Barreto-Bergter E, Wick LY, van Elsas JD (2016) The Role of Hydrophobicity and Surface Receptors at Hyphae of Lyophyllum sp. Strain Karsten in the Interaction with Burkholderia terrae BS001 – Implications for Interactions in Soil. Front Microbiol., 7: 1689.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2016.01689/full

• de Moraes MC, Santos JB, Dos Anjos DM, Rangel LP, Vieira TC, Moaddel R, da Silva JL (2015) Prion protein-coated magnetic beads: synthesis, characterization and development of a new ligands screening method. J. Chromatogr. A, 1379: 1-8. DOI: 10.1016/j.chroma.2014.12.014.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021967314019189?via%3Dihub

• Lucena MC, Carvalho-Cruz P, Donadio JL, Oliveira IA, de Queiroz RM, Marinho-Carvalho MM, Sola-Penna M, de Paula IF, Gondim KC, McComb ME, Costello CE, Whelan SA, Todeschini AR, Dias WB (2016) Epithelial Mesenchymal Transition Induces Aberrant Glycosylation through Hexosamine Biosynthetic Pathway Activation. J. Biol. Chem., 291(25)12917-12929. DOI: 10.1074/jbc.M116.729236.

http://www.jbc.org/content/291/25/12917.long

• Vasconcelos-Dos-Santos A, Loponte HF, Mantuano NR, Oliveira IA, de Paula IF, Teixeira LK, de-Freitas-Junior JC, Gondim KC, Heise N, Mohana-Borges R, Morgado-Díaz JA, Dias WB, Todeschini AR (2017) Hyperglycemia exacerbates colon cancer malignancy through hexosamine biosynthetic pathway. Oncogenesis, 6(3): e306. DOI: 10.1038/oncsis.2017.2.

https://www.nature.com/articles/oncsis20172

• Ramon Guerra de Oliveira, Fabiana Sélos Guerra, Cláudia dos Santos Mermelstein, Patrícia Dias Fernandes, Isadora Tairinne de Sena Bastos, Fanny Nascimento Costa, Regina Cely Rodrigues Barroso, Fabio Furlan Ferreira & Carlos Alberto Manssour Fraga (2018) Synthesis and pharmacological evaluation of novel isoquinoline N-sulphonylhydrazones designed as ROCK inhibitors. Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry, 33(1): 1181-1193, DOI: 10.1080/14756366.2018.1490732 https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/14756366.2018.1490732

• Barbosa LC, Goulart CL, Avellar MM, Bisch PM, von Kruger WMA (2018) Accumulation of ornithine lipids in Vibrio cholerae under phosphate deprivation is dependent on VC0489 (OlsF) and PhoBR system. Microbiology, 164(3): 395-399, DOI: 10.1099/mic.0.000607. https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/micro/10.1099/mic.0.000607#tab2

• Demidoff FC, de Souza FP, Netto CD (2017) Synthesis of Stilbene-Quinone Hybrids through Heck Reactions in PEG-400. Synthesis, 49: 5217-5223. DOI: 1055/s-0036-1589095.

https://www.thieme-connect.com/products/ejournals/html/10.1055/s-0036-1589095

• Lourenço AL et al. (2017) Synthesis and mechanistic evaluation of novel N’-benzylidene-carbohydrazide-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine derivatives as non-anionic antiplatelet agents. European Journal of Medicinal Chemistry, 135: 213-229.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0223523417302805

• Ul Haq I et al. (2016) Chemotaxis and adherence to fungal surfaces are key components of the behavioral response of Burkholderia terrae BS001 to two selected soil fungi. FEMS Microbiology Ecology, 92(11): fiw164.

https://academic.oup.com/femsec/article/92/11/fiw164/2402914

12 – MATOS, E. S. ; MOHANA-BORGES, R. ; FACA, V. M. ; GOZZO, F. C ; FONTES, W. ; RICART, C. A. O.; NOGUEIRA, F. C. S. ; PALMA, M. S. . Sequenciamento das regiões F(ab)-12 LC e F(ab)-12 HC do anticorpo monoclonal humanizado bevacizumabe: um estudo multicêntrico. ANALYTICA, v. 100, p. 22, 2019.

https://revistaanalytica.com.br/artigo-sequenciamento-das-regioes-fab-12-lc-e-fab-12-hc-do-anticorpo-monoclonal-humanizado-bevacizumabe-um-estudo-multicentrico/

13 – Landim LB et al. (2019) Solvent-free mechanochemical polymerization of urea-succinic acid and urea-succinic acid-glycerol mixtures. J Cleaner Production, 238: 117742.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959652619326022

Para acessar o sistema de cadastro de Pesquisador e submissão de amostras, acesse o link abaixo:

https://cmdfa.biof.ufrj.br/plataformas/cembio/gestao