A Plataforma de Biologia Computacional (PMBC) é uma plataforma recém-estabelecida que está localizada no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, no prédio do Centro de Ciências da Saúde (CCS). Criada em 2023, a plataforma tem como objetivo disponibilizar acesso a recursos computacionais de alta performance para o desenvolvimento de projetos de pesquisa de cunho biomédico e biotecnológico, bem como fornecer apoio técnico para a devida utilização dos recursos disponíveis, e para a instalação, gerenciamento e atualização dos programas utilizados nestas áreas.

A plataforma permite armazenar, analisar e interpretar dados biológicos em larga escala, trazendo diversos benefícios para diversos laboratórios de pesquisa biotecnológica e biomédica dentro e fora da UFRJ.
Além dos benefícios mencionados, a PMBC busca contribuir no desenvolvimento de diversos temas estratégicos propostos pelo Sistema Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação (CT&I), como água, biomas e bioeconomia, clima e saúde.

A infraestrutura computacional é pensada para atender uma série de projetos distintos, incluindo: (i) dinâmica molecular clássica, (ii) mecânica quântica, (iii) análise de genomas, (iv) montagem de genomas, (v) processamento de dados obtidos por espectrometria de massas, (vi) processamento de imagens obtidas por microscopia crioeletrônica, (vii) treinamento de modelos de aprendizagem estatística, incluindo redes neurais.

PLATAFORMA MULTIUSUÁRIO DE BIOLOGIA COMPUTACIONAL 

REGIMENTO INTERNO 

Capítulo I 

Do órgão e sua finalidade 

Artigo 1º – A Plataforma Multiusuário de Biologia Computacional, abreviada como PMBC,

Artigo 2º – A PMBC tem como objetivos gerais: 

I – Disponibilizar acesso a recursos computacionais de alta performance para o desenvolvimento de projetos de pesquisa que apresentem tal demanda;

II – Fornecer apoio técnico para a devida utilização dos recursos disponíveis, bem como para a instalação, gerenciamento e atualização de programas concernentes;

III – Disponibilizar, manter e atualizar a infraestrutura necessária para a oferta dos recursos.

Capítulo II 

Da localização 

Artigo 3º – A PMBC tem sede no Instituto de Biofísica Carlos  Chagas Filho (CCS) da Universidade Federal do Rio de Janeiro. 

Capítulo III 

Da estrutura organizacional 

Artigo 4º – A estrutura da Plataforma, bem como a aquisição de equipamentos acessórios é resultado do investimento do IBCCF, via projetos de  infraestrutura, projetos multiusuários ou projetos vinculados aos cursos de Pós-graduação do Instituto, sendo assim a plataforma disponibiliza os recursos computacionais nela abrigados a múltiplos  usuários do meio acadêmico. 

Artigo 5º – O Comitê Gestor da Plataforma será formado por até seis professores e obedecendo aos seguintes critérios:

I – Possuir um mínimo de 4 membros e um máximo de 6 membros;

II – Possuir ao menos  um professor do Programa de Biologia Molecular e Estrutural do IBCCF;

II – Possuir ao menos 3 professores do IBCCF;

III – Apresentar ratificação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF. 

Parágrafo 1º – A formação do Comitê Gestor vigente durante a elaboração deste regimento encontra-se no Anexo I. 

Parágrafo 2º – Deverão integrar o Comitê Gestor um Professor indicado pela Coordenação  do curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Biofísica); um Professor indicado pela  Coordenação do curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Fisiologia) e um Professor  indicado pelo programa temático de pesquisa em Biologia Molecular e Estrutural.

Parágrafo 3º – A indicação do Coordenador Geral da PMBC e de um coordenador substituto  será feita pelo comitê gestor e ratificada pelo Conselho Deliberativo do IBCCF. 

Artigo 6º – Os membros do Comitê Gestor, incluindo o Coordenador e o eventual substituto, terão  mandatos de 3 (três) anos, podendo ser reconduzidos mediante aprovação pelo Conselho  Deliberativo do IBCCF. 

Parágrafo único – A indicação de novo membro para compor o comitê gestor, em eventual necessidade de substituição, será realizada pelo conselho deliberativo do IBCCF. O novo membro apontado deverá completar o mandato vigente do Comitê Gestor e poderá ser reconduzido normalmente. 

Artigo 7º – A operacionalização da PMBC será feita pelo Coordenador, Comitê Gestor e pelo  corpo técnico da PMBC. 

Artigo 8º – A Comissão de Usuários será formada por 4 membros, representantes das diferentes  Unidades (Institutos) da UFRJ, a serem selecionados dentre os usuários cadastrados na plataforma ou que manifestem interesse em sua utilização.

Parágrafo 1º – A composição da Comissão de Usuários da PMBC será definida pelo Comitê  Gestor, dispensando ratificação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.

Parágrafo 2º – Ao final do mandato de cada Comitê Gestor, os novos membros deverão deliberar sobre  a composição da Comissão de Usuários e, quando couber, redefini-la.

Capítulo IV 

Dos deveres 

Artigo 9 – Cabe ao coordenador e ao seu eventual substituto: 

I – Gerenciar o funcionamento da PMBC com o apoio do Comitê Gestor e de seu corpo técnico; 

II – coordenar a atuação do Corpo Técnico;

III – Autorizar o cadastramento dos usuários; 

IV – Convocar reuniões do Comitê Gestor para a deliberação e a informação do funcionamento da PMBC; 

V – Representar a PMBC no contato com usuários; 

VI – Coordenar o esforço para angariar verba de agências de fomento e Instâncias da Universidade para a manutenção e melhoria da infraestrutura da PMBC. 

VII – Transmitir devidamente todas as questões a ele(a) apresentadas ao Comitê Gestor; 

VIII – Apresentar balancetes dos recursos adquiridos e gastos pela PMBC e relatório de gerenciamento da plataforma ao CD do IBCCF quando solicitado. 

Artigo 10 – Cabe aos demais membros do Comitê Gestor: 

I – Supervisionar e avaliar a gestão do Coordenador Geral; 

II – Propor normas específicas para as plataformas;

III – Propor e deliberar sobre alterações no regulamento;

IV – Participar do esforço para a obtenção de recursos financeiros através da participação em editais específicos ou rateio de despesas;

V – Organizar atividades de capacitação de usuários;

VI – Aprovar relatórios anuais sobre a plataforma;

VII – encaminhar a solicitação de encerramento das atividades da plataforma;

VIII – indicar o coordenador e um coordenador substituto dentre os membros do comitê

Artigo 11 – Aos membros do Corpo Técnico cabe: 

I – Cuidar da operação e manutenção dos equipamentos; 

II – Gerenciar a PMBC de forma a adquirir materiais necessários para sua rotina;

III – Manter a organização da plataforma; 

IV – Fazer o cadastramento dos usuários; 

V – Realizar análise de demanda e registrar estatísticas de utilização; 

VI – Realizar a atualização periódica dos equipamentos;

VII – Instalar e atualizar os programas demandados pelos usuários;

VIII – Prestar auxílio técnico aos usuários;

IX – Manter e atualizar um portal da web dedicado ao funcionamento da plataforma.

Artigo 12 – À Comissão de Usuários da Plataforma cabe: 

I – Acompanhar o funcionamento da plataforma e sua característica multiusuário;

II – Propor normas específicas para as plataformas;

III – Auxiliar na capacitação do corpo técnico e dos usuários;

IV – Encaminhar questionamentos e sugestões dos usuários ao Comitê Gestor;

V – Sugerir estratégias de desenvolvimento da plataforma pela aquisição de novos

equipamentos ou estabelecimentos de novas técnicas;

VI – Participar da equipe de projetos solicitando verbas para a manutenção e aquisição de

equipamentos para a plataforma;

VII – Participar da constante melhoria da unidade no que diz respeito à manutenção, ao bom uso e  à garantia ao acesso; 

Capítulo V 

Do acesso 

Artigo 13 – O acesso à PMBC é restrito à submissão de processos através de software de gerenciamento específico. O manuseio dos equipamentos é restrito ao pessoal envolvido em sua operação, autorizado pelo Comitê Gestor. 

Artigo 14 – Os usuários podem obter informações quanto às normas para utilização por e-mail (pmbc@biof.ufrj.br) e através do portal web https://cmdfa.biof.ufrj.br/pbmc. 

Capítulo VI

Do rateio dos custos de manutenção 

Artigo 15 – Os custos relativos a gastos com material de consumo (material de expediente, material elétrico e eletrônico, ferramentas, material de processamento de dados, material para manutenção de bens imóveis) e manutenção de equipamentos (refrigeração, rede elétrica, internet) serão divididos pro rata, conforme definido pelo Comitê Gestor. 

Parágrafo 1o. – A utilização da estrutura da PMBC estará condicionada à concordância expressa do respectivo docente responsável quanto a sua responsabilidade de contribuir para o rateio dos  custos referentes às análises realizadas.  

Parágrafo 2º – As normas relativas à divisão de rateio dos gastos com material de consumo e  manutenção de equipamentos estarão disponíveis para consulta na PMBC. 

Parágrafo 3o – Usuários e docentes responsáveis se comprometem a apoiar as iniciativas do  Comitê Gestor para o suporte de manutenção preventiva e corretiva junto às agências de fomento  e instâncias da Universidade. 

Parágrafo 4º – Os custos de operação são devidos por todos os usuários oriundos de Instituições Públicas de Pesquisa e Ensino de forma igual e sem distinção de unidade ou instituição de origem.

Capítulo VII 

Dos usuários 

Artigo 16 – Os usuários interessados deverão preencher formulário de cadastro de usuário disponível na PMBC. 

Parágrafo 1º – Para realizar o cadastro, os usuários deverão indicar no formulário referido no caput um professor/pesquisador vinculado à instituição de ensino e/ou pesquisa.  

Parágrafo 2º – O professor/pesquisador responsável deve dar sua concordância expressa com o pedido de cadastramento do usuário e aceitação do regulamento e normas incluindo o pagamento do rateio dos custos operacionais.

Capítulo VIII 

Do funcionamento 

Artigo 17 – O horário de atendimento aos usuários será determinado pelo Comitê Gestor junto ao(s) servidor(es) técnico(s) responsável(is) e definido em norma específica.

Artigo 18 – Somente ao professor/pesquisador cadastrado será conferido acesso (na forma de login e senha) para requisição de recursos computacionais.

Parágrafo 1º – O professor/pesquisador cadastrado será responsabilizado pela utilização indevida da plataforma por terceiros.

Artigo 19 – O gerenciamento dos recursos será feito de forma automatizada, por meio de software específico, cujas regras serão definidas e modificadas pelo comitê gestor e disponibilizadas de forma transparente em portal da web dedicado à plataforma.

Artigo 20 – Os dados gerados serão armazenados por tempo limitado, determinado pelo comitê gestor com base na disponibilidade de armazenamento total da plataforma e definido em norma específica. 

Parágrafo único – A PBMC conta também com sistema de cotas de armazenamento por usuário, cujas particularidades serão também determinadas pelo comitê gestor e disponibilizadas no portal web.

Capítulo VIII 

Da forma de avaliação

Artigo 21 – A PMBC será avaliada anualmente pelos usuários cadastrados. 

Parágrafo único – A avaliação levará em conta parâmetros como tempo de análise, qualidade do  serviço e atendimento, e será feita na forma de questionário apropriado. 

Artigo 22 – O Comitê Gestor avaliará anualmente o balanço do rateio dos custos da PMBC. 

Artigo 23 – Caberá aos usuários citar em suas produções científicas que os resultados foram  realizados na PMBC. 

Parágrafo único – Os usuários deverão notificar as citações realizadas à coordenação da  PMBC para que as mesmas possam ser contabilizadas na avaliação periódica. 

Capítulo IX 

Disposições Gerais 

Artigo 24 – Quaisquer questões não abordadas neste Regimento serão apreciadas e resolvidas  pelo Comitê Gestor e em última instância pelo CD do IBCCF. 

Artigo 25 – Ficará sujeito a sanções o usuário que não cumprir este Regimento e as normas  específicas estabelecidas para utilização dos serviços e rateio de custos da PMBC.  

Parágrafo único: Estas sanções poderão variar de advertência verbal a suspensão de uso definitiva, conforme estabelecido pelo Comitê Gestor. 

Artigo 26 – Informações acerca da plataforma poderão ser obtidas através do endereço eletrônico:  pmbc@biof.ufrj.br ou através do website https://cmdfa.biof.ufrj.br/pmbc.

Abaixo estão relacionados os equipamentos e programas adquiridos pelos diferentes grupos que integram esta proposta conjunta e que formam o corpo inicial de recursos computacionais alocados na PMBC:

• Servidor IBM de alta capacidade
• Storage DS3512
• Servidor 512GB memória RAM, 6TB HD, Processador Xeon Gold 5318Y
• Servidor SGI- UV20 com 768GB de memória e 4x E5-4650 8-core 2,6GHz
• Licença CLC genomics Workbench V.21
• Servidor AltixXE240 da SGI, Processador Xeon 2,33 GHz, 8 Gb de memória DDR2 667 Hz (Samsung), 4 HDDs de 1,0 Tb
• Cluster de computadores com ~500 núcleos de processamento: 12 nós Infiniband DDR + 18 nós Infiniband QDR, 10 GPUs Tesla (16.000 núcleos GPUs em rede InfiniBand)
• Seis nós com processador Intel core I7 e placa de vídeo 1080GTX
• Storage I: 13 TB
• Storage II: 32 TB
• Dois super-computadores da Silicon Graphics com memória RAM compartilhada (512Gb e 1Tb)
• 4 Racks para instalação dos nós de processamento
• 7 switches
• 12 nobreaks de alta capacidade
• 1 Rack para No breaks

COMITÊ GESTOR:

Links Úteis

Página da PMBC na PNIPE

Página do Cluster de Biologia Computacional na PNIPE

Laboratórios Parceiros:

Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular

Laboratório de Biologia Molecular de Vírus

Laboratório de Metabolismo Macromolecular Firmino Torres de Castro

Trabalhos publicados com os equipamentos predecessores (pré-2023):

Improving Blind Docking in DOCK6 through an Automated Preliminary Fragment Probing Strategy
Molecules
2021-02-25 | journal-article
DOI: 10.3390/molecules26051224

Investigation of the binding mode of a novel cruzain inhibitor by docking, molecular dynamics, ab initio and MM/PBSA calculations
Journal of Computer-Aided Molecular Design
2018-05 | journal-article
DOI: 10.1007/s10822-018-0112-3

Dataset showing the impact of the protonation states on molecular dynamics of HIV protease
Data in Brief
2016 | journal-article
DOI: 10.1016/j.dib.2016.07.040

Unraveling HIV protease flaps dynamics by Constant pH Molecular Dynamics simulations
Journal of Structural Biology
2016 | journal-article
DOI: 10.1016/j.jsb.2016.06.006

Structural analysis of the N-terminal fragment of the antiangiogenic protein endostatin: A molecular dynamics study
Proteins: Structure, Function and Bioinformatics
2011 | journal-article
DOI: 10.1002/prot.23096PMID: 21769939ISBN: 1097-0134

O acesso à PMBC é realizado através de software de gerenciamento específico. Usuários cadastrados podem requisitar os recursos computacionais. Os dados gerados serão armazenados por tempo limitado. A PBMC tem um sistema de cotas de armazenamento por usuário, definido pelo comitê gestor da plataforma. O manuseio físico dos equipamentos é restrito ao pessoal autorizado pelo Comitê Gestor.

O formulário para cadastramento será disponibilizado em breve!