Centro Multiusuário Darcy Fontoura de Almeida

IBCCF | UFRJ

Centro Multiusuário
Darcy Fontoura de Almeida

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Logo PSEQDNA

A Plataforma de Sequenciamento de DNA (PSEQDNA) foi criada a partir da participação do IBCCF em projetos de sequenciamento de genomas nos anos 2000. Desde então vem empregando o sequenciador automático de DNA e equipamentos acessórios para o processamento de amostras de diversos grupos, contando com o empenho de docentes e técnicos do IBCCF. A PSEQDNA oferece o sequenciamento de DNA pelo método de Sanger e análise de fragmentos a pesquisadores e alunos da UFRJ e de outras instituições públicas de pesquisa como apoio ao desenvolvimento de projetos de pesquisa.

Endereço: Avenida Carlos Chagas Filho, 373, Bloco G - Sala G1-043, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), CCS/UFRJ, Cidade Universitária - Ilha do Fundão, Rio de Janeiro - RJ, CEP: 21941-902.

Telefones: (21) 3938-6532 ou 3938-6531

E-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br

REGIMENTO INTERNO

 

Capítulo I

Do órgão e sua finalidade

Artigo 1º – A Plataforma de Sequenciamento de DNA, abreviada como PSEQDNA, é um espaço de apoio à pesquisa científica do IBCCF, cuja finalidade é realizar sequenciamento de DNA pelo método de Sanger e atender às necessidades de usuários acadêmicos.

Artigo 2º - A PSEQDNA tem como objetivos gerais:

I – Oferecer à comunidade acadêmica uma plataforma de sequenciamento de DNA para desenvolvimento de projetos na área de pesquisa;

II – Atender a todos os usuários e fornecer resultados com qualidade e confiabilidade;

III – Mapear a necessidade dos usuários e investir, sempre que possível, no aperfeiçoamento de suas atividades e infraestrutura.

 

Capítulo II

Da localização

Artigo 3º – A PSEQDNA encontra-se na sala G1-43, no Bloco G do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (CCS) da Universidade Federal do Rio de Janeiro.

 

Capítulo III

Da estrutura organizacional

Artigo 4º – A estrutura da Plataforma, bem como a aquisição do sequenciador automático de DNA e de equipamentos acessórios é resultado do investimento do IBCCF, via projetos de infraestrutura, projetos multiusuários ou projetos vinculados aos cursos de Pós-graduação do Instituto, sendo assim a plataforma disponibiliza a técnica de sequenciamento de DNA a múltiplos usuários do meio acadêmico.

Parágrafo único - os equipamentos que compõem a plataforma encontram-se listados no Anexo I deste Regimento.

Artigo 5º - O Comitê Gestor da Plataforma será formado por 4 (quatro) professores do IBCCF e ratificado pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.

Parágrafo 1º - A formação do Comitê Gestor vigente durante a aprovação deste regimento encontra-se no Anexo II.

Parágrafo 2º - O Comitê Gestor deverá ser formado por um Professor indicado pela Coordenação do curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Biofísica); um Professor indicado pela Coordenação do curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Fisiologia); um Professor indicado pelo programa temático de pesquisa em Biologia Molecular e Estrutural e um Coordenador.

Parágrafo 3º - A indicação do Coordenador Geral da PSEQDNA e do seu eventual substituto será feita pela direção do IBCCF e ratificada pelo Conselho Deliberativo deste Instituto.

Artigo 6º - Os membros do Comitê Gestor, incluindo o Coordenador e o eventual substituto, terão mandatos de 3 (três) anos, podendo ser reconduzidos mediante aprovação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.

Artigo 7º - A operacionalização da PSEQDNA será feita pelo Coordenador, Comitê Gestor e pelo servidor técnico da PSEQDNA.

Artigo 8º - A Comissão de Usuários será formada por 4 membros, representantes das diferentes Unidades (Institutos) da UFRJ.

Parágrafo 1º - A composição da Comissão de Usuários da PSEQDNA será definida pelo Comitê Gestor, dispensando ratificação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF e com validade indeterminada.

Parágrafo 2º - No caso de mudança do Comitê Gestor, os novos membros deverão deliberar sobre a composição da Comissão de Usuários e, quando couber, redefini-la.

 

Capítulo IV

Dos deveres

Artigo 9º – Cabe ao Coordenador:

I – Gerenciar a plataforma, assegurar o atendimento dos usuários e o funcionamento dos equipamentos;

II – Autorizar o cadastramento dos usuários;

III - Realizar reuniões do Comitê Gestor para a deliberação e a informação do funcionamento da Plataforma;

IV – Representar a PSEQDNA junto aos usuários;

V – Transmitir devidamente todas as questões ao Comitê Gestor;

VI – Apresentar balancetes anuais do rateio dos gastos pela Plataforma e relatório de gerenciamento ao CD do IBCCF.

Artigo 10º - Cabe aos demais membros do Comitê Gestor:

I – Supervisionar e avaliar a gestão do Coordenador Geral;

II – Participar da constante melhoria da plataforma no que diz respeito à manutenção e ao bom funcionamento;

III – Deliberar sobre questões não previstas neste regimento.

Artigo 11º – Ao servidor técnico localizado na Plataforma cabe:

I – Cuidar da operação e manutenção dos equipamentos;

II – Gerenciar a PSEQDNA de forma a adquirir materiais necessários para sua rotina;

III – Manter a organização da plataforma;

IV – Fazer o cadastramento dos usuários;

V – Receber as amostras dos usuários;

VI – Remeter os resultados das análises.

Artigo 12º - A Comissão de Usuários da Plataforma cabe:

I – Participar da constante melhoria da unidade no que diz respeito a sugestões quanto à manutenção, ao bom uso e à garantia ao acesso;

II – Representar a PSEQDNA no contato com as demais Unidades do CCS (UFRJ);

III – Contribuir com estratégias de melhoramento da Plataforma e aquisição de novos equipamentos, tanto no que diz respeito a definição de necessidades e prioridades, como através de apoio a projetos visando obtenção de recursos financeiros para estes fins.

 

Capítulo V

Do acesso

Artigo 13º – O acesso à PSEQDNA é restrito à entrega de amostras. O manuseio dos equipamentos é restrito ao pessoal envolvido em sua operação, autorizado pelo Comitê Gestor.

Artigo 14º – Os usuários podem obter informações quanto às normas para entrega de material e recebimento de resultados por e-mail (sequenciamento@biof.ufrj.br).

 

Capítulo VI

Do rateio dos custos de manutenção

Artigo 15º - Os custos relativos a gastos com material de consumo e manutenção de equipamentos serão divididos pro rata, conforme definido pelo Comitê Gestor.

Parágrafo 1o. – A utilização da estrutura da PSEQDNA implica na concordância tácita do respectivo docente responsável quanto a sua responsabilidade de contribuir para o rateio dos custos referentes às análises realizadas.

Parágrafo 2º - As normas relativas à divisão de rateio dos gastos com material de consumo e manutenção de equipamentos estarão disponíveis para consulta na PSEQDNA.

Parágrafo 3o – Usuários e docentes responsáveis se comprometem a apoiar as iniciativas do Comitê Gestor para o suporte de manutenção preventiva e corretiva junto às agências de fomento e instâncias da Universidade.

 

 

Capítulo VII

Dos usuários

Artigo 16º – Os pesquisadores interessados deverão preencher formulário de cadastro de usuário disponível na PSEQDNA.

Parágrafo único – Somente poderão se cadastrar professores pesquisadores, sendo os alunos citados no formulário de cadastro como orientados.

 

Capítulo VIII

Do funcionamento

Artigo 17º - O horário de atendimento para recepção de amostras será determinado junto ao servidor técnico responsável.

Artigo 18º – Somente usuários cadastrados ou seus representantes/orientados poderão entregar amostras.

Artigo 19º – A entrega só poderá ser feita mediante preenchimento do registro de entrega amostras.

Artigo 20º – Os resultados gerados pelas análises serão gravados em mídias digitais ou enviados por mensagem eletrônica, conforme solicitação dos usuários.

 

Capítulo VIII

Da forma de avaliação

Artigo 21º – A PSEQDNA será avaliada anualmente pelos usuários cadastrados.

Parágrafo único – A avaliação levará em conta parâmetros como tempo de análise, qualidade do serviço e atendimento, e será feita na forma de questionário apropriado.

Artigo 22º – O Comitê Gestor avaliará anualmente o balanço do rateio dos custos da PSEQDNA.

Artigo 23º - Caberá aos usuários citar em suas produções científicas que os resultados foram realizados na PSEQDNA.

Parágrafo único – Os usuários deverão notificar as citações realizadas à coordenação da PSEQDNA para que as mesmas possam ser contabilizadas na avaliação periódica.

 

Capítulo IX

Disposições Gerais

Artigo 24º - Quaisquer questões não abordadas nesse Regimento serão apreciadas e resolvidas pelo Comitê Gestor e em última instância pelo CD do IBCCF.

Artigo 25º - Ficará sujeito a sanções o usuário que não cumprir este Regimento e as normas específicas estabelecidas para entrega de amostras e rateio de custos da PSEQDNA.

Parágrafo único: Estas sanções poderão variar de advertência verbal a suspensão de uso definitiva conforme estabelecido pelo Comitê Gestor.

Artigo 26º - Informações acerca da plataforma poderão ser obtidas através do endereço eletrônico: sequenciamento@biof.ufrj.br.

O Regimento Interno em formato pdf pode ser obtido para download clicando aqui.

Foto: Norton Heise (nheise@biof.ufrj.br), Servidor, IBCCF-UFRJ

Sequenciador automático de DNA SeqStudio Thermo Scientific

Sequenciador automático de DNA por eletroforese capilar com módulo de análise de fragmentos 

Regras de uso: Clique aqui

Foto: Norton Heise (nheise@biof.ufrj.br), Servidor, IBCCF-UFRJ

Sequenciador automático de DNA Illumina MiSeq

Sequenciador de DNA de última geração

Regras de uso: clique aqui

Ana Beatriz Furlanetto Pacheco (coordenadora)

Graduada em Ciências Biológicas Modalidade Genética pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (1988), mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) (1992) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) (1997), ambos pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF) da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Atualmente é professora associado da IBCCF, UFRJ. Tem experiência na área de Genética Molecular e de Microrganismos, atuando principalmente nos seguintes temas: regulação da expressão gênica em resposta a alterações ambientais em bactérias, diversidade genética em bactérias, ecofisiologia de cianobactérias.

Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/5624223025744288

foto_PauloMBisch

Paulo Mascarello Bisch (coordenador substituto)

Possui Bacharelado em Física pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1971), Mestrado em Física pelo Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (1974) e Doutorado em Ciências (Física) pela Universite Libre de Bruxelles, Bélgica (1980). Atualmente é Professor Titular do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Tem experiência nas áreas de Física, Físico-Química e Biofísica, com ênfase em Biofísica Molecular, Celular e de Sistema, atuando principalmente nos seguintes temas: sistemas biológicos, biologia estrutural, microscopia de força atômica, modelagem molecular, bioinformática, genômica e proteômica. 

Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/5928043800446342

Polyana Silva Pereira (Biomédica)

Graduada em Biomedicina pela Universidade Federal Fluminense em 2009. Possui Mestrado e Doutorado pela Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular (PGBCM) do Instituto Oswaldo Cruz -FIOCRUZ (2016). Atualmente, Biomédica na Plataforma de Sequenciamento de DNA (PSEQDNA) do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho – UFRJ, colaboradora no Laboratório de Investigação em Microbiologia Médica (LIMM) do Instituto de Microbiologia Paulo de Goes – UFRJ e no Laboratório de Física Biológica do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF). Atua principalmente nos temas: multirresistência, infecção hospitalar, produção de carbapenemases, fatores de virulência/ patogenicidade.

Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/465657357704389

Em construção.

Para realizar o Sequenciamento Sanger ou análise de fragmentos, o usuário deverá fazer um contato inicial por e-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br. Após receber resposta, o usuário deverá entregar seu material na Plataforma de Sequenciamento de DNA, localizada no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Bloco G, 1º Pavimento, sala G1-043 (Telefone: 3938- 6531).

As demais informações relativas à entrega do material, rateio dos gastos e envio de resultados estão disponibilizadas nos documentos das regras de uso, disponíveis aqui.

Para a realização do sequenciamento em alta vazão utilizando o equipamento Illumina MiSeq, recomendamos o contato inicial com a Profa. Ana Beatriz Furlanetto Pacheco ou com a Biomedica Polyana Silva Pereira (e-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br) para a avaliação do projeto e das metodologias recomendadas, assim como o cadastramento da equipe. As regras estão disponíveis neste link.