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A Plataforma de Sequenciamento de DNA (PSEQDNA) foi criada a partir da participação do IBCCF em projetos de sequenciamento de genomas nos anos 2000. Desde então vem empregando o sequenciador automático de DNA e equipamentos acessórios para o processamento de amostras de diversos grupos, contando com o empenho de docentes e técnicos do IBCCF. A PSEQDNA oferece o sequenciamento de DNA pelo método de Sanger a pesquisadores e alunos da UFRJ e de outras instituições públicas de pesquisa como apoio ao desenvolvimento de projetos de pesquisa.

Endereço: Avenida Carlos Chagas Filho, 373, Bloco G - Sala G1-043, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), CCS/UFRJ, Cidade Universitária - Ilha do Fundão, Rio de Janeiro - RJ, CEP: 21941-902.

Telefones: (21) 3938-6532 ou 3938-6531

E-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br

REGIMENTO INTERNO

 

Capítulo I

Do órgão e sua finalidade

Artigo 1º – A Plataforma de Sequenciamento de DNA, abreviada como PSEQDNA, é um espaço de apoio à pesquisa científica do IBCCF, cuja finalidade é realizar sequenciamento de DNA pelo método de Sanger e atender às necessidades de usuários acadêmicos.

Artigo 2º - A PSEQDNA tem como objetivos gerais:

I – Oferecer à comunidade acadêmica uma plataforma de sequenciamento de DNA para desenvolvimento de projetos na área de pesquisa;

II – Atender a todos os usuários e fornecer resultados com qualidade e confiabilidade;

III – Mapear a necessidade dos usuários e investir, sempre que possível, no aperfeiçoamento de suas atividades e infraestrutura.

 

Capítulo II

Da localização

Artigo 3º – A PSEQDNA encontra-se na sala G1-43, no Bloco G do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (CCS) da Universidade Federal do Rio de Janeiro.

 

Capítulo III

Da estrutura organizacional

Artigo 4º – A estrutura da Plataforma, bem como a aquisição do sequenciador automático de DNA e de equipamentos acessórios é resultado do investimento do IBCCF, via projetos de infraestrutura, projetos multiusuários ou projetos vinculados aos cursos de Pós-graduação do Instituto, sendo assim a plataforma disponibiliza a técnica de sequenciamento de DNA a múltiplos usuários do meio acadêmico.

Parágrafo único - os equipamentos que compõem a plataforma encontram-se listados no Anexo I deste Regimento.

Artigo 5º - O Comitê Gestor da Plataforma será formado por 4 (quatro) professores do IBCCF e ratificado pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.

Parágrafo 1º - A formação do Comitê Gestor vigente durante a aprovação deste regimento encontra-se no Anexo II.

Parágrafo 2º - O Comitê Gestor deverá ser formado por um Professor indicado pela Coordenação do curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Biofísica); um Professor indicado pela Coordenação do curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Fisiologia); um Professor indicado pelo programa temático de pesquisa em Biologia Molecular e Estrutural e um Coordenador.

Parágrafo 3º - A indicação do Coordenador Geral da PSEQDNA e do seu eventual substituto será feita pela direção do IBCCF e ratificada pelo Conselho Deliberativo deste Instituto.

Artigo 6º - Os membros do Comitê Gestor, incluindo o Coordenador e o eventual substituto, terão mandatos de 3 (três) anos, podendo ser reconduzidos mediante aprovação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.

Artigo 7º - A operacionalização da PSEQDNA será feita pelo Coordenador, Comitê Gestor e pelo servidor técnico da PSEQDNA.

Artigo 8º - A Comissão de Usuários será formada por 4 membros, representantes das diferentes Unidades (Institutos) da UFRJ.

Parágrafo 1º - A composição da Comissão de Usuários da PSEQDNA será definida pelo Comitê Gestor, dispensando ratificação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF e com validade indeterminada.

Parágrafo 2º - No caso de mudança do Comitê Gestor, os novos membros deverão deliberar sobre a composição da Comissão de Usuários e, quando couber, redefini-la.

 

Capítulo IV

Dos deveres

Artigo 9º – Cabe ao Coordenador:

I – Gerenciar a plataforma, assegurar o atendimento dos usuários e o funcionamento dos equipamentos;

II – Autorizar o cadastramento dos usuários;

III - Realizar reuniões do Comitê Gestor para a deliberação e a informação do funcionamento da Plataforma;

IV – Representar a PSEQDNA junto aos usuários;

V – Transmitir devidamente todas as questões ao Comitê Gestor;

VI – Apresentar balancetes anuais do rateio dos gastos pela Plataforma e relatório de gerenciamento ao CD do IBCCF.

Artigo 10º - Cabe aos demais membros do Comitê Gestor:

I – Supervisionar e avaliar a gestão do Coordenador Geral;

II – Participar da constante melhoria da plataforma no que diz respeito à manutenção e ao bom funcionamento;

III – Deliberar sobre questões não previstas neste regimento.

Artigo 11º – Ao servidor técnico localizado na Plataforma cabe:

I – Cuidar da operação e manutenção dos equipamentos;

II – Gerenciar a PSEQDNA de forma a adquirir materiais necessários para sua rotina;

III – Manter a organização da plataforma;

IV – Fazer o cadastramento dos usuários;

V – Receber as amostras dos usuários;

VI – Remeter os resultados das análises.

Artigo 12º - A Comissão de Usuários da Plataforma cabe:

I – Participar da constante melhoria da unidade no que diz respeito a sugestões quanto à manutenção, ao bom uso e à garantia ao acesso;

II – Representar a PSEQDNA no contato com as demais Unidades do CCS (UFRJ);

III – Contribuir com estratégias de melhoramento da Plataforma e aquisição de novos equipamentos, tanto no que diz respeito a definição de necessidades e prioridades, como através de apoio a projetos visando obtenção de recursos financeiros para estes fins.

 

Capítulo V

Do acesso

Artigo 13º – O acesso à PSEQDNA é restrito à entrega de amostras. O manuseio dos equipamentos é restrito ao pessoal envolvido em sua operação, autorizado pelo Comitê Gestor.

Artigo 14º – Os usuários podem obter informações quanto às normas para entrega de material e recebimento de resultados por e-mail (sequenciamento@biof.ufrj.br).

 

Capítulo VI

Do rateio dos custos de manutenção

Artigo 15º - Os custos relativos a gastos com material de consumo e manutenção de equipamentos serão divididos pro rata, conforme definido pelo Comitê Gestor.

Parágrafo 1o. – A utilização da estrutura da PSEQDNA implica na concordância tácita do respectivo docente responsável quanto a sua responsabilidade de contribuir para o rateio dos custos referentes às análises realizadas.

Parágrafo 2º - As normas relativas à divisão de rateio dos gastos com material de consumo e manutenção de equipamentos estarão disponíveis para consulta na PSEQDNA.

Parágrafo 3o – Usuários e docentes responsáveis se comprometem a apoiar as iniciativas do Comitê Gestor para o suporte de manutenção preventiva e corretiva junto às agências de fomento e instâncias da Universidade.

 

 

Capítulo VII

Dos usuários

Artigo 16º – Os pesquisadores interessados deverão preencher formulário de cadastro de usuário disponível na PSEQDNA.

Parágrafo único – Somente poderão se cadastrar professores pesquisadores, sendo os alunos citados no formulário de cadastro como orientados.

 

Capítulo VIII

Do funcionamento

Artigo 17º - O horário de atendimento para recepção de amostras será determinado junto ao servidor técnico responsável.

Artigo 18º – Somente usuários cadastrados ou seus representantes/orientados poderão entregar amostras.

Artigo 19º – A entrega só poderá ser feita mediante preenchimento do registro de entrega amostras.

Artigo 20º – Os resultados gerados pelas análises serão gravados em mídias digitais ou enviados por mensagem eletrônica, conforme solicitação dos usuários.

 

Capítulo VIII

Da forma de avaliação

Artigo 21º – A PSEQDNA será avaliada anualmente pelos usuários cadastrados.

Parágrafo único – A avaliação levará em conta parâmetros como tempo de análise, qualidade do serviço e atendimento, e será feita na forma de questionário apropriado.

Artigo 22º – O Comitê Gestor avaliará anualmente o balanço do rateio dos custos da PSEQDNA.

Artigo 23º - Caberá aos usuários citar em suas produções científicas que os resultados foram realizados na PSEQDNA.

Parágrafo único – Os usuários deverão notificar as citações realizadas à coordenação da PSEQDNA para que as mesmas possam ser contabilizadas na avaliação periódica.

 

Capítulo IX

Disposições Gerais

Artigo 24º - Quaisquer questões não abordadas nesse Regimento serão apreciadas e resolvidas pelo Comitê Gestor e em última instância pelo CD do IBCCF.

Artigo 25º - Ficará sujeito a sanções o usuário que não cumprir este Regimento e as normas específicas estabelecidas para entrega de amostras e rateio de custos da PSEQDNA.

Parágrafo único: Estas sanções poderão variar de advertência verbal a suspensão de uso definitiva conforme estabelecido pelo Comitê Gestor.

Artigo 26º - Informações acerca da plataforma poderão ser obtidas através do endereço eletrônico: sequenciamento@biof.ufrj.br.

O Regimento Interno em formato pdf pode ser obtido para download clicando aqui.

Sequenciador automático de DNA 3130 Genetic Analyzer Thermo Scientific

Sequenciador automático de DNA por eletroforese capilar

Regras de uso: Regras sequenciamento Sanger_IBCCF_01julho2020

Sequenciador automático de DNA Illumina MiSeq

Sequenciador de DNA de última geração

Regras de uso: Regras sequenciamento_MiSeq_IBCCF_06agosto2019

Ana Beatriz Furlanetto Pacheco (coordenadora)

Graduada em Ciências Biológicas Modalidade Genética pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (1988), mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) (1992) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) (1997), ambos pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF) da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Atualmente é professora associado da IBCCF, UFRJ. Tem experiência na área de Genética Molecular e de Microrganismos, atuando principalmente nos seguintes temas: regulação da expressão gênica em resposta a alterações ambientais em bactérias, diversidade genética em bactérias, ecofisiologia de cianobactérias.

Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/5624223025744288

Polyana Silva Pereira (Biomédica)

Graduada em Biomedicina pela Universidade Federal Fluminense em 2009. Possui Mestrado e Doutorado pela Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular (PGBCM) do Instituto Oswaldo Cruz -FIOCRUZ (2016). Atualmente, Biomédica na Plataforma de Sequenciamento de DNA (PSEQDNA) do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho – UFRJ e colaboradora no Laboratório de Investigação em Microbiologia Médica (LIMM) do Instituto de Microbiologia Paulo de Góes – UFRJ. Atua principalmente nos temas: multirresistência, infecção hospitalar, produção de carbapenemases, fatores de virulência/ patogenicidade.

Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/465657357704389

Sanger Sequencing - Thermo Fischer Scientific:

https://www.thermofisher.com/br/en/home/life-science/sequencing/sanger-sequencing.html

• Illumina Sequencing Methods – Illumina:

https://www.illumina.com/techniques/sequencing.html

• DNA sequencing technologies. Adams, J. (2008). Nature Education 1(1):193:

http://www.nature.com/scitable/topicpage/dna-sequencing-technologies-690

Para realizar o Sequenciamento Sanger, o usuário deverá fazer um contato inicial para solicitar o sequenciamento por e-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br. Após receber resposta, o usuário deverá entregar seu material na Plataforma de Sequenciamento de DNA, localizada no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Bloco G, 1º Pavimento, sala G1-043 (Telefone: 3638- 6531). Neste momento de pandemia de COVID-19, o recebimento de novas amostras ocorrera SOMENTE AS TERCAS-FEIRAS, de 09h30 as 12h30.

 As demais informações relativas à entrega do material, rateio dos gastos e envio de resultados estão disponibilizadas no documento das regras de uso, disponível aqui.

Para a realização do sequenciamento em alta vazão utilizando o equipamento Illumina MiSeq, recomendamos o contato inicial com a Profa. Ana Beatriz Furlanetto Pacheco ou com a Biomedica Polyana Silva Pereira (e-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br) para avaliação do projeto e das metodologias recomendadas, assim como o cadastramento da equipe.