Plataforma de Expressão, Purificação e Análise de Biomoléculas
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A Plataforma de Expressão, Purificação e Análise de Biomoléculas (PEPAB) visa apoiar projetos e linhas de pesquisa que necessitem de equipamentos e/ou infraestrutura para expressão, purificação e análise estrutural de proteínas/peptídeos de interesse biotecnológico e de pesquisa básica. Também possui equipamentos com alto potencial para a análise da interação entre macromoléculas (proteína-proteína, proteína-lipídeos, proteína-DNA, proteína-drogas, etc).
Endereço: Avenida Carlos Chagas Filho, 373, Subsolo do Bloco G – Sala G0-032, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), CCS/UFRJ, Cidade Universitária – Ilha do Fundão, Rio de Janeiro – RJ, CEP: 21941-902.
Contato da Unidade:
- E-mail: pepab@biof.ufrj.br
- Telefone: –
REGIMENTO INTERNO
Capítulo I
Do órgão e sua finalidade
Artigo 1º – A Plataforma de Expressão, Purificação e Análise de Biomoléculas, abreviada como PEPAB, é um espaço multiusuário do IBCCF que visa a apoiar projetos e linhas de pesquisa que necessitem de equipamentos e/ou infraestrutura para expressão, purificação e análise estrutural e de interação de macromoléculas, apresentando como objetivos gerais:
I – Oferecer infraestrutura de equipamentos para o desenvolvimento de projetos nesta área de pesquisa;
II – Atender a todos os usuários treinados e capacitados a utilizarem os equipamentos lá instalados, conforme definido pelo comitê gestor;
III – Mapear a necessidade dos usuários e investir, sempre que possível, no aperfeiçoamento da infraestrutura;
IV – Desenvolver projetos e/ou prestar serviço(s) de caráter temporário para Empresas e/ou Instituições Privadas que deverão arcar com os custos desses processos.
Capítulo II
Da localização
Artigo 2º – A PEPAB encontra-se na sala 32 do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), subsolo, no Bloco G do CCS da Universidade Federal do Rio de Janeiro.
Capítulo III
Da estrutura organizacional
Artigo 3º – Os equipamentos instalados na PEPAB foram adquiridos a partir de projetos colaborativos coordenados por professores do IBCCF, que os disponibilizaram como multiusuário, e pela Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Biofísica).
Parágrafo único – Os equipamentos multiusuários e os seus respectivos responsáveis encontram-se listados no Anexo I deste Regimento.
Artigo 4º – O Comitê Gestor da PEPAB é formado por 6 professores designados conforme especificação abaixo.
– Coordenador indicado pela direção do IBCCF;
– Representante do Centro Multiusuário Darcy Fontoura de Almeida (CMDFA);
– Docente indicado pela Coordenação de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Biofísica);
– Docente indicado pela Coordenação de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Fisiologia);
– Docente indicado pela Coordenação de Pós-Graduação – Mestrado Profissional;
– Docente indicado pelo programa temático de pesquisa em Biologia Molecular e Estrutural.
Parágrafo 1º – A composição do Comitê Gestor da PEPAB no momento de aprovação deste Regimento Interno encontra-se listada no Anexo II.
Parágrafo 2º – Pelo menos dois membros do Comitê Gestor deverão pertencer a diferentes programas temáticos do IBCCF.
Artigo 5º – A composição do Comitê Gestor deverá ser ratificada pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.
Artigo 6º – Os membros do Comitê Gestor, incluindo o Coordenador Geral, terão mandatos de 3 (três) anos podendo ser reconduzidos por novo período de 3 anos mediante aprovação pelas instâncias responsáveis pelas indicações e pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.
Parágrafo único – No caso de mudança do Coordenador Geral antes do término do mandato, caberá ao Comitê Gestor consultar a direção do IBCCF para a indicação de um novo nome, mediante aprovação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.
Artigo 7º – A operacionalização da PEPAB será feita pelo Coordenador e pelo servidor técnico, quando houver, como também pelos responsáveis pelos equipamentos conforme listado no Anexo I.
Artigo 8º – A Comissão de Usuários será formada por 4 membros, representantes das diferentes Unidades (Institutos) da UFRJ.
Parágrafo 1º – A composição da Comissão de Usuários da PEPAB será definida pelo Comitê Gestor, dispensando ratificação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF e com validade indeterminada.
Parágrafo 2º – No caso de mudança do Comitê Gestor, os novos membros deverão deliberar sobre a composição da Comissão de Usuários e, quando couber, redefini-la.
Capítulo IV
Dos deveres
Artigo 9º – Ao Coordenador Geral cabe:
I – Gerenciar o funcionamento dos aparelhos instalados no PEPAB;
II – Realizar reuniões do Comitê Gestor para a deliberação e a informação do funcionamento da Plataforma;
III – Representar a PEPAB no encontro com usuários;
IV – Transmitir devidamente todas as questões ao Comitê Gestor;
V – Apresentar balancetes anuais dos recursos adquiridos e gastos pelo PEPAB e relatório de gerenciamento da plataforma ao CD do IBCCF.
Artigo 10º – Aos membros do Comitê Gestor cabe:
I – Supervisionar e avaliar a gestão do Coordenador Geral;
II – Participar da constante melhoria da unidade no que diz respeito à manutenção, ao bom uso e à garantia ao acesso;
III – Auxiliar no planejamento de experimentos dos usuários, quando necessário ou solicitado pelos mesmos.
Artigo 11º – Ao servidor técnico (quando houver) localizado na Plataforma cabe:
I – Cuidar da operação e manutenção dos aparelhos;
II – Manter a organização da unidade;
III – Fazer o cadastramento dos usuários;
IV – Orientar/Treinar os usuários para o bom uso do aparelho;
V – Controlar os agendamentos dos equipamentos.
Artigo 12º – A Comissão de Usuários da Plataforma cabe:
I – Participar da constante melhoria da unidade no que diz respeito à manutenção, ao bom uso e à garantia ao acesso;
II – Representar o PEPAB no contato com as demais Unidades do CCS (UFRJ);
III – Contribuir com estratégias de melhoramento da Plataforma e aquisição de novos equipamentos, tanto no que diz respeito à definição de necessidades e prioridades, como através de ações visando obtenção de recursos financeiros para estes fins;
IV – Auxiliar no treinamento/capacitação de novos usuários, quando possível.
Capítulo V
Do acesso e da utilização
Artigo 13º – O acesso a PEPAB e o uso dos equipamentos serão autorizados somente após o cadastramento do usuário, o que deve ser ratificado pelo Coordenador da unidade e/ou pelo técnico responsável.
Parágrafo único – O usuário que facilitar o acesso a qualquer pessoa não cadastrada tornar-se-á responsável direto por qualquer prejuízo ou custo que decorra desta autorização de acesso indevida.
Artigo 14º – O agendamento de uso dos equipamentos será feito em agenda on-line disponibilizada para todos os usuários cadastrados na unidade.
Parágrafo único – Alguns pesquisadores poderão ser classificados como consultores e terão o papel de oferecer suporte técnico-científico e operacional, quando necessário, tendo acesso ao mesmo quando solicitados e sendo todos eles selecionados pelo Comitê Gestor.
Artigo 15º – A autorização para uso dos equipamentos será individual e específica para cada equipamento.
Parágrafo 1º – Devido às características técnicas diferentes, cada equipamento contará com norma de autorização de uso específica.
Parágrafo 2º – A marcação de horário para a utilização dos equipamentos será regida por normas específicas para cada equipamento, de forma que o cancelamento, não comparecimento ou remarcação serão punidos conforme estas normas.
Artigo 16º – Todos os usuários da PEPAB são obrigados a preencher um livro de registro do(s) equipamento(s) para controle interno de utilização do aparelho e acesso à sala.
Capítulo VI
Do rateio dos custos de manutenção
Artigo 17º – Os custos relativos a gastos com material de consumo e manutenção de equipamentos serão divididos pro rata, conforme definido pelo Comitê Gestor e descrito em norma específica para cada equipamento.
Parágrafo 1o – A utilização dos equipamentos implica na concordância tácita do respectivo docente responsável quanto a sua responsabilidade financeira no rateio de custos de manutenção.
Parágrafo 2º – Os usuários são responsáveis por proverem o material de consumo necessário para a utilização dos equipamentos com exceção dos materiais explicitamente listados na norma de utilização específica de cada equipamento.
Parágrafo 3o – Os usuários e docentes responsáveis se comprometem a apoiar as iniciativas do Comitê Gestor para o suporte de manutenção preventiva e corretiva junto às agências de fomento e instâncias da Universidade.
Parágrafo 4º – O usuário que vier a quebrar, danificar e/ou sujar qualquer aparelho devido a má utilização será responsável pelo conserto e/ou limpeza do mesmo.
Parágrafo 5º – As normas relativas aos custos de manutenção dos equipamentos estarão disponíveis para consulta na PEPAB.
Capítulo VII
Do funcionamento
Artigo 18º – O horário de funcionamento da PEPAB não será restrito, estando a PEPAB acessível para os usuários em qualquer momento do dia ou da noite, inclusive finais de semana e feriados.
Parágrafo único – Independentemente do horário de uso, é responsabilidade do(s) usuário(s) zelar pelo bom funcionamento da sala e pela integridade dos equipamentos ali presentes.
Capítulo VIII
Da forma de avaliação
Artigo 19º – A PEPAB será avaliada anualmente pelos usuários cadastrados.
Parágrafo único – A avaliação levará em conta parâmetros como facilidade de acesso e de uso e será feita na forma de questionário apropriado.
Artigo 20º – Caberá aos usuários citar em suas produções científicas que os resultados foram obtidos a partir da realização de experimentos na PEPAB.
Parágrafo único – Os usuários deverão notificar as citações realizadas à coordenação da PEPAB para que as mesmas possam ser contabilizadas na avaliação periódica.
Artigo 21º – O comitê gestor avaliará anualmente o balanço administrativo da PEPAB.
Capítulo IX
Disposições Gerais
Artigo 22º – Os usuários poderão solicitar resumo do balanço administrativo/financeiro para consulta.
Artigo 23º – A movimentação financeira e emissão das notas de serviço ficarão sob responsabilidade de uma fundação de apoio a pesquisa.
Artigo 24º – Quaisquer questões não abordadas nesse regimento serão apreciadas e resolvidas pelo Comitê Gestor e em última instância pelo CD do IBCCF.
Artigo 25º – Caso o usuário se recuse a cumprir as regras estabelecidas e constadas neste regimento haverá suspensão de uso.
O Regimento Interno em formato pdf pode ser obtido para download clicando aqui.
Espectrometro Chirascan – CD (Dicroísmo Circular) Applied Photophysics
Este equipamento é adequado para o estudo de moléculas quirais de todos os tipos e tamanhos. Em biologia, suas aplicações mais comuns estão relacionadas ao estudo de proteínas, incluindo:
- avaliação das estruturas secundárias e terciárias;
- determinação da resposta a alterações de temperatura e ação de químicos;
- estudo dos processos de enovelamento e desenovelamento proteico.
Para saber mais sobre o uso do Chirascan CD, clique aqui.
Espectrofotômetro de Fluorescência – Cary Eclipse/Varian
Este equipamento permite a análise de espectros de emissão e excitação de compostos orgânicos, inorgânicos e de macromoléculas, na região do ultravioleta e visível (200 a 800nm). Suas aplicações incluem:
- determinação do perfil de emissão e excitação;
- estudos de cinética;
- construção de curvas de calibração para análises quantitativas;
- determinação de tempo de vida de fluorescência
Ressonância Plasmônica de Superfície (SPR) – Biacore 3000 GE Healthacare Life Sciences
Este é um sistema de análise de interação de biomoléculas em tempo real que emprega a tecnologia de ressonância plasmônica de superfície (SPR). Com isso, é possível monitorar a formação e dissociação de complexos na superfície do sensor à medida que a interação ocorre. As medições são feitas sob condições de fluxo contínuo.
Ressonância Plasmônica de Superfície – SPR Autolab Esprit
Este equipamento é usado para análise em tempo real de interações biomoleculares, tais como:
- anticorpo-antígeno;
- ligante-receptor;
- proteína-ácidos nucleicos;
- adesão celular.
As informações quantitativas obtidas podem ser usadas para cálculo de cinética de reação e da contante de afinidade, bem como para determinar a concentração ativa de biomoléculas em solução.
Shaker Innova 42 – New Brunswick Scientific
Este shaker incubador de órbita apresenta capacidade para frascos pequenos e de grandes volumes. Ele pode ser usados de forma contínua, cronometrada ou em várias etapas.
Incubator Shaker Series – Innova® 44, New Brunswick Scientific
Estes shakers incubadores de órbita apresentam capacidade para frascos pequenos e de grandes volumes. Eles podem ser usados de forma contínua, cronometrada ou em várias etapas.
Fast Prep MP. MP Biomedicals
Este homogeneizador de bancada de alta velocidade com capacidade para 24 tubos foi desenvolvido para a lise de amostras biológicas. O movimento empregado pelo aparelho aliado ao uso de beads apropriadas para a lise do material de interesse torna possível o rompimento de células resistentes para uso em diversas aplicações, incluindo:
- isolamento de RNA;
- obtenção de proteínas em sua forma ativa;
- purificação de DNA genômico íntegro.
Para saber mais sobre o Fast-Prep 24, clique aqui.
Gel Doc XR System Bio-Rad
Este sistema de documentação de géis e blots permite capturar imagens em tempo real e conta iluminação integrada UV e por luz branca. Entre os corantes que podem ser usados para visualização no GelDoc XR destacam-se:
- DNA/RNA: brometo de etídeo, SYBR green;
- proteínas: Comassie blue, nitrato de prata;
- blots: fluoresceína, reagentes colorimétricos.
O Gel Doc XR não é compatível com detecções quimioluminescentes (ECL, por exemplo).
Para saber mais sobre o GelDoc XR, clique aqui.
Ultracentrífuga TL-100 – Beckman-Coulter
Esta ultracentrífuga de bancada Beckman Coulter TL-100 foi desenvolvida para atingir velocidades até 100.000 rpm, equivalente a 540.000 g quando utilizada com o rotor TLA-100.3, disponível na PEPAB.
Ultracentrífuga Optima XL-100K – Beckman-Coulter
Esta ultracentrífuga Beckman Coulter Optima XL-100K foi desenvolvida para atingir velocidades até 100.000 rpm, equivalente a 802.000 g, quando utilizada com o rotor 100Ti. Classificada como “S”, ela pode ser utilizada com praticamente todos os rotores preparativos da Beckman (com exceção dos rotores Type 15). A PEPAB disponibiliza três rotores para esta centrífuga (SW 28 Ti, Type 70 Ti e Type 90 Ti), porém rotores de usuários podem ser levados para a Plataforma (consultar previamente).
Para saber mais sobre a Optima XL-100K, clique aqui.
Fermentador/Bioreator Bioflo 110 – New Brunswick Scientific
Este equipamento é um fermentador e biorreator modular desenvolvido para que os grupos de pesquisa possam obter maiores biomassas para seus experimentos.
Termociclador para PCR em tempo real – QuantStudio 3 – Applied Biosystems
Este espectrofotômetro tem capacidade de leitura e quantificação de diversas amostras (190-850 nm) e é capaz de realiza diferentes análises, tais como:
- quantificação e determinação da pureza de ácidos nucleicos (260 nm);
- quantificação de peptídeos (205 nm) e proteínas purificadas (280 nm);
- ensaios colorimétricos de proteínas (BCA 562 nm, Bradford 595 nm, Modified Lowry 650 nm, Pierce 660 660 nm);
- acompanhamento da densidade óptica de amostras.
Para saber mais sobre o uso do Nanodrop One, clique aqui
Espectrofotômetro Nanodrop One – Thermo Fisher Scientific
Este espectrofotômetro tem capacidade de leitura e quantificação de diversas amostras (190-850 nm) e é capaz de realiza diferentes análises, tais como:
- quantificação e determinação da pureza de ácidos nucleicos (260 nm);
- quantificação de peptídeos (205 nm) e proteínas purificadas (280 nm);
- ensaios colorimétricos de proteínas (BCA 562 nm, Bradford 595 nm, Modified Lowry 650 nm, Pierce 660 660 nm);
- acompanhamento da densidade óptica de amostras.
Para saber mais sobre o uso do Nanodrop One, clique aqui
Fluorímetro Qubit 3 – Invitrogen
Este equipamento é um fluorímetro de bancada que permite a quantificação de biomoléculas de forma sensível e precisa, uma vez que seu método de análise se baseia no uso de corantes fluorescentes específicos para cada tipo de molécula.
Os ensaios disponibilizados de fábrica são DNA dupla fita; RNA; Oligo (DNA fita simples); Proteína e Ion Sphere.
A PEPAB não disponibiliza os kits e reagentes necessários para as quantificações.
Para saber mais sobre o uso do Qubit 3, clique aqui
Sistema de eletroforese automatizada Bioanalyzer – Agilent
O sistema Agilent 2100 Bioanalyzer é uma solução de eletroforese automatizada baseada em microfluidos estabelecida para o controle de qualidade de amostras de biomoléculas. É adequado para fluxos de trabalho de sequenciamento de próxima geração (NGS), expressão genética, biofarmacêutica e edição de genoma, proporcionando avaliação precisa de amostras como DNA, RNA e proteínas. A PEPAB não disponibiliza os kits e reagentes necessários para as análises.
Norton Heise (coordenador)
Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade de São Paulo – USP (1984-1989), doutorado em Microbiologia e Imunologia pela Universidade Federal de São Paulo – UNIFESP (1990-1995), pós-doutorado em Bioquímica pela Catholic University of Louvain – UCL e Christian de Duve Institute of Cellular Pathology – ICP (1995-1997) e pós-doutorado em Biologia Molecular pela University of Oklahoma Health Sciences Center – OUHSC (2005-2007). Atualmente é Professor Associado IV da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). Tem experiência na área de Microbiologia, Bioquímica e Biologia Molecular de Microrganimsos, com ênfase em Glicobiologia, atuando principalmente nos seguintes temas: mecanismos de biossíntese de esfingolipídios, O-glicanas, glicoconjugados e de âncoras de glicosilfosfatidilinositol em tripanossomatídios e fungos.
Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/1920923288705691
Carolina Lage Goulart (Biomédica)
Possui graduação em Ciências Biológicas – Modalidade Médica pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2005), mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2007) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2011), com período de Doutorado Sanduíche na Université Libre de Bruxelles. Atuou como bolsista de pós-doutorado na Universidade Federal do Rio de Janeiro e, posteriormente, na Fundação Oswaldo Cruz. Atualmente, é biomédica na Universidade Federal do Rio de Janeiro. Tem experiência na áreas de Biologia Molecular, Fisiologia de Microorganismos e Biofísica Molecular.
Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/1437906021799282
Sugestões de links úteis!
Em construção.
O acesso à agenda dos equipamentos da plataforma é feito acessando o link abaixo:
https://agendacmdfa.biof.ufrj.br
Qualquer dúvida pode ser esclarecida através do email: pepab@biof.ufrj.br.