Centro de Espectrometria de Massas de Biomoléculas (CEMBIO)
No CEMBIO disponibilizamos as seguintes preparações de amostra:
- Digestão de proteínas em solução
- Digestão de proteínas em banda de gel SDS-PAGE
- Preparo para análise N-glicômica, incluindo: digestão com PNGase, purificação dos N-glicanos liberados e derivatização com procainamida ou 2-aminobenzamida.
Análise dos metabólitos extraídos de qualquer fonte biológica. Metabólitos polares totais são analisados em coluna de interação hidrofílica (HILIC) e apolares, em coluna de fase reversa. Utilizando HILIC com a metodologia do CEMBIO, conseguimos mais de 100 metabólitos em amostra de células eucarióticas, incluindo moléculas do metabolismo energético e redox.
É aconselhável a adição de padrão interno para normalização do rendimento da extração. O dado gerado fornecerá a informação qualitativa sobre os metabólitos. Para dados quantitativos, é necessário incluir padrões internos isotopicamente marcados (13C, 2H, por exemplo) e fazer a análise de uma curva de calibração em paralelo.
Análise dos lipídios extraídos de qualquer fonte biológica, analisados em coluna de fase reversa. Com a metodologia do CEMBIO, conseguimos detectar glicerofosfolipídios, ácidos graxos, glicolipídios, acilgliceróis (mono, di e triacilgliceróis) e esteróis em amostra de células eucarióticas (por exemplo).
É aconselhável a adição de padrão interno para normalização do rendimento da extração. O dado gerado fornecerá a informação qualitativa sobre os lipídios. Para dados quantitativos, é necessário incluir padrões internos isotopicamente marcados (13C, 2H, por exemplo) e fazer a análise de uma curva de calibração em paralelo.
Análise das cadeias de N-glicanos liberados de glicoconjugados de origem. Utilizando coluna HILIC (separação por caráter hidrofílico) ou GlycanPac (separação pelo número de ácidos siálicos) com a metodologia do CEMBIO, detectamos mais de 70 N-glicanos em amostra de células eucarióticas. Com o perfil de fragmentação, é possível a determinação estrutural.
É aconselhável a adição de padrão interno para normalização do rendimento da extração. O dado gerado fornecerá a informação qualitativa sobre os lipídios. Para dados quantitativos, é necessário incluir padrões internos isotopicamente marcados (13C, 2H, por exemplo) e fazer a análise de uma curva de calibração em paralelo.
Em breve
A abordagem proteômica é utilizada para identificar proteínas em misturas complexas. As proteínas são extraídas da amostra de interesse e digeridas com tripsina. Os peptídeos resultantes são separados por NanoHPLC e injetados no espectrômetro de massas. A corrida é feita no modo DDA (data dependent mode) em que o primeiro ciclo (MS1) é feito para a identificação da massa carga dos peptídeos (m/z). Então os espectros de fragmentação (MS2) desses vários peptídeos são gerados.
Com a metodologia do CEMBIO, conseguimos detectar 2000 proteínas em amostras de células eucarióticas.
As proteínas ou peptídeos em solução são submetidos a análise por espectrometria de massas de alta resolução. É necessário que a proteína esteja relativamente pura e sem glicerol e detergentes.
MALDI Imaging é uma ferramenta poderosa para mapear a distribuição de moléculas de uma amostra de tecido, variando de moléculas pequenas a proteínas grandes. Abaixo elencamos algumas de suas vantagens:
- Mapeamento de moléculas sem necessidade de marcação
- Imageamento de milhares de compostos em um único dado
- Identificação de diferenças moleculares específicas de uma região dentro de um tecido
- Integração perfeita com microscopia ou histologia
Atualmente o CEMBIO é capaz de analisar moléculas pequenas (lipídios e metabólitos polares) em cortes histológicos. O preparo de amostras para a análise dessas classes de moléculas envolve o congelamento em meio de emblocamento apropriado (gelatina e/ou carboximetilcelulose), seccionamento em criostato, coleta dos cortes histológicos em lâminas condutivas e deposição de matriz por sublimação ou pulverização. Trabalhamos com resolução espacial de 15 μm a 200 μm, ressaltando que quanto maior a resolução menor é a intensidade dos analitos.
É possível desenvolver novas metodologias de LC-MS desde que sejam compatíveis com os equipamentos disponíveis no CEMBIO. Entre em contato para tirar dúvidas.
Plataforma de Expressão, Purificação e Análise de Biomoléculas (PEPAB)
Espectrometro Chirascan – CD (Dicroísmo Circular) Applied Photophysics
Este equipamento é adequado para o estudo de moléculas quirais de todos os tipos e tamanhos. Em biologia, suas aplicações mais comuns estão relacionadas ao estudo de proteínas, incluindo:
- avaliação das estruturas secundárias e terciárias;
- determinação da resposta a alterações de temperatura e ação de químicos;
- estudo dos processos de enovelamento e desenovelamento proteico.
Para saber mais sobre o uso do Chirascan CD, clique aqui.
Espectrofotômetro de Fluorescência – Cary Eclipse/Varian
Este equipamento permite a análise de espectros de emissão e excitação de compostos orgânicos, inorgânicos e de macromoléculas, na região do ultravioleta e visível (200 a 800nm). Suas aplicações incluem:
- determinação do perfil de emissão e excitação;
- estudos de cinética;
- construção de curvas de calibração para análises quantitativas;
- determinação de tempo de vida de fluorescência
Ressonância Plasmônica de Superfície (SPR) – Biacore 3000 GE Healthacare Life Sciences
Este é um sistema de análise de interação de biomoléculas em tempo real que emprega a tecnologia de ressonância plasmônica de superfície (SPR). Com isso, é possível monitorar a formação e dissociação de complexos na superfície do sensor à medida que a interação ocorre. As medições são feitas sob condições de fluxo contínuo.
Ressonância Plasmônica de Superfície – SPR Autolab Esprit
Este equipamento é usado para análise em tempo real de interações biomoleculares, tais como:
- anticorpo-antígeno;
- ligante-receptor;
- proteína-ácidos nucleicos;
- adesão celular.
As informações quantitativas obtidas podem ser usadas para cálculo de cinética de reação e da contante de afinidade, bem como para determinar a concentração ativa de biomoléculas em solução.
Shaker Innova 42 – New Brunswick Scientific
Este shaker incubador de órbita apresenta capacidade para frascos pequenos e de grandes volumes. Ele pode ser usados de forma contínua, cronometrada ou em várias etapas.
Incubator Shaker Series – Innova® 44, New Brunswick Scientific
Estes shakers incubadores de órbita apresentam capacidade para frascos pequenos e de grandes volumes. Eles podem ser usados de forma contínua, cronometrada ou em várias etapas.
Fast Prep MP. MP Biomedicals
Este homogeneizador de bancada de alta velocidade com capacidade para 24 tubos foi desenvolvido para a lise de amostras biológicas. O movimento empregado pelo aparelho aliado ao uso de beads apropriadas para a lise do material de interesse torna possível o rompimento de células resistentes para uso em diversas aplicações, incluindo:
- isolamento de RNA;
- obtenção de proteínas em sua forma ativa;
- purificação de DNA genômico íntegro.
Para saber mais sobre o Fast-Prep 24, clique aqui.
Gel Doc XR System Bio-Rad
Este sistema de documentação de géis e blots permite capturar imagens em tempo real e conta iluminação integrada UV e por luz branca. Entre os corantes que podem ser usados para visualização no GelDoc XR destacam-se:
- DNA/RNA: brometo de etídeo, SYBR green;
- proteínas: Comassie blue, nitrato de prata;
- blots: fluoresceína, reagentes colorimétricos.
O Gel Doc XR não é compatível com detecções quimioluminescentes (ECL, por exemplo).
Para saber mais sobre o GelDoc XR, clique aqui.
Ultracentrífuga TL-100 – Beckman-Coulter
Esta ultracentrífuga de bancada Beckman Coulter TL-100 foi desenvolvida para atingir velocidades até 100.000 rpm, equivalente a 540.000 g quando utilizada com o rotor TLA-100.3, disponível na PEPAB.
Ultracentrífuga Optima XL-100K – Beckman-Coulter
Esta ultracentrífuga Beckman Coulter Optima XL-100K foi desenvolvida para atingir velocidades até 100.000 rpm, equivalente a 802.000 g, quando utilizada com o rotor 100Ti. Classificada como “S”, ela pode ser utilizada com praticamente todos os rotores preparativos da Beckman (com exceção dos rotores Type 15). A PEPAB disponibiliza três rotores para esta centrífuga (SW 28 Ti, Type 70 Ti e Type 90 Ti), porém rotores de usuários podem ser levados para a Plataforma (consultar previamente).
Para saber mais sobre a Optima XL-100K, clique aqui.
Fermentador/Bioreator Bioflo 110 – New Brunswick Scientific
Este equipamento é um fermentador e biorreator modular desenvolvido para que os grupos de pesquisa possam obter maiores biomassas para seus experimentos.
Termociclador para PCR em tempo real – QuantStudio 3 – Applied Biosystems
Este espectrofotômetro tem capacidade de leitura e quantificação de diversas amostras (190-850 nm) e é capaz de realiza diferentes análises, tais como:
- quantificação e determinação da pureza de ácidos nucleicos (260 nm);
- quantificação de peptídeos (205 nm) e proteínas purificadas (280 nm);
- ensaios colorimétricos de proteínas (BCA 562 nm, Bradford 595 nm, Modified Lowry 650 nm, Pierce 660 660 nm);
- acompanhamento da densidade óptica de amostras.
Para saber mais sobre o uso do Nanodrop One, clique aqui
Espectrofotômetro Nanodrop One – Thermo Fisher Scientific
Este espectrofotômetro tem capacidade de leitura e quantificação de diversas amostras (190-850 nm) e é capaz de realiza diferentes análises, tais como:
- quantificação e determinação da pureza de ácidos nucleicos (260 nm);
- quantificação de peptídeos (205 nm) e proteínas purificadas (280 nm);
- ensaios colorimétricos de proteínas (BCA 562 nm, Bradford 595 nm, Modified Lowry 650 nm, Pierce 660 660 nm);
- acompanhamento da densidade óptica de amostras.
Para saber mais sobre o uso do Nanodrop One, clique aqui
Fluorímetro Qubit 3 – Invitrogen
Este equipamento é um fluorímetro de bancada que permite a quantificação de biomoléculas de forma sensível e precisa, uma vez que seu método de análise se baseia no uso de corantes fluorescentes específicos para cada tipo de molécula.
Os ensaios disponibilizados de fábrica são DNA dupla fita; RNA; Oligo (DNA fita simples); Proteína e Ion Sphere.
A PEPAB não disponibiliza os kits e reagentes necessários para as quantificações.
Para saber mais sobre o uso do Qubit 3, clique aqui
Sistema de eletroforese automatizada Bioanalyzer – Agilent
O sistema Agilent 2100 Bioanalyzer é uma solução de eletroforese automatizada baseada em microfluidos estabelecida para o controle de qualidade de amostras de biomoléculas. É adequado para fluxos de trabalho de sequenciamento de próxima geração (NGS), expressão genética, biofarmacêutica e edição de genoma, proporcionando avaliação precisa de amostras como DNA, RNA e proteínas. A PEPAB não disponibiliza os kits e reagentes necessários para as análises.
Plataforma de Imunoanálise (PIA)
Citômetro de Fluxo FACSCalibur – BD Bioscience
Citômetro de fluxo equipado com 2 lasers e 4 canais para fluorescência. Laser azul (488 nm) = emissão: 515-545 (FL1), 564-606 (FL2) e >670 (FL3). Laser vermelho (635 nm) = emissão: 653-669 (FL4).
Baixe aqui o arquivo para ter acesso aos Procedimentos de Limpeza Após o Uso do Citômetro de Fluxo FACSCalibur.
Baixe aqui o arquivo para ter acesso ao Guia de Operação do Citômetro de Fluxo FACSCalibur.
Citômetro de Fluxo FASCCanto II – BD Bioscience
Citômetro de fluxo equipado com 3 lasers e oito canais para fluorescência. Laser violeta (405 nm) = emissão: 425-475 e 502-535. Laser azul (488 nm) = emissão: 515-545, 564-606, 670-735 e 750-810 Laser vermelho (633 nm) = emissão: 650-670 e 750-810.
Baixe aqui o arquivo para ter acesso ao Guia de Operação do Citômetro de Fluxo FASCCanto II – BD Bioscience
ImageQuant LAS 4000 – GE Heathcare
O ImageQuant LAS 4000 é um sistema de imageamento digital para revelação de membranas de Western Blot através de reações de quimioluminescência.
Baixe aqui o arquivo para ter acesso ao Manual do ImageQuant LAS 4000.
Baixe aqui o arquivo para ter acesso ao Guia de Operação do ImageQuant LAS 4000.
ImageQuant LAS 500 – GE Heathcare
O ImageQuant LAS 500 é um sistema de imageamento digital de fácil operação equipado com uma câmera com sensibilidade e faixa dinâmica compatíveis com a detecção de reações de quimioluminescência.
Baixe aqui o arquivo para ter acesso ao Manual do ImageQuant LAS 500.
Leitora de placas Emax Plus – Molecular Devices
O leitor de microplaca EmaxPlus e composto por oito filtros que permitem a mensuração da absorção do comprimento de onda em diferentes regiões do espectro de luz visível, podendo ser aplicado em ensaios de quantificação de proteínas, viabilidade celular e ELISA.
Leitora de placas Victor X2 – Perkin Elmer
O leitor de microplaca VictorX2 e um instrumento para detecção quantitativa de luz emitida seja por fluorescência ou luminescência proveniente de ensaios biológicos.
Plataforma de Microscopia Óptica de Luz Gustavo de Oliveira Castro (PLAMOL)
Microscópio de Microdissecção a LASER – Zeiss PALM MicroBeam
O sistema de microdissecção a LASER é acoplado a um moderno microscópio que permite a obtenção de material celular homogêneo de tecidos ou de preparações citológicas heterogêneas. Grupos de células semelhantes ou mesmo únicas podem ser isoladas e “catapultadas” para microtubos onde serão analisadas. O material obtido pode então ser usado em uma série de técnicas downstream, wertern blotting, técnicas proteômicas entre outras.
Microscópio Confocal a Disco – Zeiss Cell Observer Yokogawa spinning disk
O microscópio confocal a disco giratório permite o estudo de células vivas em tempo real em 3D. Tal técnica permite a visualização e o acompanhamento de processos biológicos complexos e dinâmicos no contexto fisiológico que mais se aproxima do organismo vivo. Também é possível o “imageamento” de espécimes fixados. O sistema está equipado com foco automatizado e CTI de células com controle de temperatura gases e umidade. Esse sistema está equipado 3 linhas de LASER (405, 561 e 647) e com duas câmeras de alta resolução capazes de fotografar em alta velocidade fenômenos biológicos utilizando 2 fluoróforos (cores) simultaneamente.
Microscópio Zeiss Invertido de Fluorescência por Iluminação Estruturada – Zeiss APOTOME
Além de funcionar como um microscópio de fluorescência convencional nesse sistema é possível criar seções ópticas de amostras fluorescentes livre de luz espalhada. Com a iluminação estruturada, é possível observar somente o plano focal da objetiva retirando assim os artefatos que ocorrem comumente na microscopia de fluorescência convencional. É uma maneira simples, mas totalmente confiável de prevenir luz espalhada fora de foco, mesmo em amostras mais espessas. Em muitos casos substitui perfeitamente a microscopia confocal.
Plataforma Multiusuário de Histologia (PMH)
Micrótomo Slee CUT 5062
Equipamento utilizado para fazer cortes histológicos em blocos de parafina.
Micrótomo manual LEICA RM2125RT:
Equipamento utilizado para fazer cortes histológicos em blocos de parafina
Capela de Exaustão
Utilizado para derreter parafina e secar lâminas.
Central de inclusão Leica EG 1150 H
Equipamento utilizado para fazer a inclusão do tecido em parafina, formando os blocos de parafina.
Central de inclusão Easy Path, Cygni
Equipamento utilizado para fazer a inclusão do tecido em parafina, formando os blocos de parafina.
Placa fria, Easy Path, Cygni
Utilizado para resfriar os blocos de parafina.
Microscópio
Equipamento utilizado para avaliar a qualidade dos cortes histológicos
Estufa Quimis 316 B14
Equipamento utilizado para promover a aderência dos cortes de parafina às lâminas histológicas
Plataforma de Sequenciamento de DNA (PSEQDNA)
Sequenciador automático de DNA 3500 Genetic Analyzer – Thermo Scientific
Sequenciador automático de DNA por eletroforese capilar, com módulo de análise de fragmentos.
Regras de uso: Clique aqui
Sequenciador automático de DNA SeqStudio Thermo Scientific
Sequenciador automático de DNA por eletroforese capilar com módulo de análise de fragmentos
Regras de uso: Clique aqui
Sequenciador automático de DNA Illumina MiSeq
Sequenciador de DNA de última geração
Regras de uso: clique aqui
Plataforma de Modelos Biológicos Fernando Garcia de Mello (PLAMB)
Área de Ambientação ou Quarentena para manter os animais recém-chegados ao biotério em racks com microisoladores ventilados.
Racks com microisoladores ventilados localizados na área de quarentena.
Área de Lavagem: A lavagem dos materiais é feita nesta sala. O material sujo desce pelo monta carga da sala de lavagem e é esterilizado em um autoclave vertical com 2 portas Ortosíntese, que proporciona esterilização de material oriundos de uma sala não estéril para uma área limpa.
Área de Esterilização: A esterilização dos materiais é realizada neste espaço. Os microisoladores montados e esterilizados sobem pelo monta carga da sala da autoclave para a área de manutenção.
Autoclave vertical com 2 portas, braços Concêntricos e Painel Lateral Ortosíntese
Área de Manutenção: A área de manutenção, localizada no segundo andar, recebe o material estéril pelo monta carga. Nela os animais são manipulados em uma cabine de segurança biológica e mantidos em racks individualmente ventilados.
Montacarga limpo ao lado da cabine de segurança biológica localizados na área de manutenção
Racks com microisoladores ventilados localizados na área de manutenção.
Área de Procedimentos: Três salas localizadas no segundo andar destinadas a realização de procedimentos experimentais. Cirurgias, coleta de sangue, inoculação, eutanásia são realizados nestas salas.
Cabine de segurança biológica localizada em uma das salas de procedimentos.
