Plataforma de Sequenciamento de DNA
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A Plataforma de Sequenciamento de DNA (PSEQDNA) foi criada a partir da participação do IBCCF em projetos de sequenciamento de genomas nos anos 2000. Desde então vem empregando o sequenciador automático de DNA e equipamentos acessórios para o processamento de amostras de diversos grupos, contando com o empenho de docentes e técnicos do IBCCF. A PSEQDNA oferece o sequenciamento de DNA pelo método de Sanger e análise de fragmentos a pesquisadores e alunos da UFRJ e de outras instituições públicas de pesquisa como apoio ao desenvolvimento de projetos de pesquisa.
Endereço: Avenida Carlos Chagas Filho, 373, Bloco G – Sala G1-043, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF), CCS/UFRJ, Cidade Universitária – Ilha do Fundão, Rio de Janeiro – RJ, CEP: 21941-902.
Telefones: (21) 3938-6532 ou 3938-6531
E-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br
REGIMENTO INTERNO
Capítulo I
Do órgão e sua finalidade
Artigo 1º – A Plataforma de Sequenciamento de DNA, abreviada como PSEQDNA, é um espaço de apoio à pesquisa científica do IBCCF, cuja finalidade é realizar sequenciamento de DNA pelo método de Sanger e atender às necessidades de usuários acadêmicos.
Artigo 2º – A PSEQDNA tem como objetivos gerais:
I – Oferecer à comunidade acadêmica uma plataforma de sequenciamento de DNA para desenvolvimento de projetos na área de pesquisa;
II – Atender a todos os usuários e fornecer resultados com qualidade e confiabilidade;
III – Mapear a necessidade dos usuários e investir, sempre que possível, no aperfeiçoamento de suas atividades e infraestrutura.
Capítulo II
Da localização
Artigo 3º – A PSEQDNA encontra-se na sala G1-43, no Bloco G do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (CCS) da Universidade Federal do Rio de Janeiro.
Capítulo III
Da estrutura organizacional
Artigo 4º – A estrutura da Plataforma, bem como a aquisição do sequenciador automático de DNA e de equipamentos acessórios é resultado do investimento do IBCCF, via projetos de infraestrutura, projetos multiusuários ou projetos vinculados aos cursos de Pós-graduação do Instituto, sendo assim a plataforma disponibiliza a técnica de sequenciamento de DNA a múltiplos usuários do meio acadêmico.
Parágrafo único – os equipamentos que compõem a plataforma encontram-se listados no Anexo I deste Regimento.
Artigo 5º – O Comitê Gestor da Plataforma será formado por 4 (quatro) professores do IBCCF e ratificado pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.
Parágrafo 1º – A formação do Comitê Gestor vigente durante a aprovação deste regimento encontra-se no Anexo II.
Parágrafo 2º – O Comitê Gestor deverá ser formado por um Professor indicado pela Coordenação do curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Biofísica); um Professor indicado pela Coordenação do curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Fisiologia); um Professor indicado pelo programa temático de pesquisa em Biologia Molecular e Estrutural e um Coordenador.
Parágrafo 3º – A indicação do Coordenador Geral da PSEQDNA e do seu eventual substituto será feita pela direção do IBCCF e ratificada pelo Conselho Deliberativo deste Instituto.
Artigo 6º – Os membros do Comitê Gestor, incluindo o Coordenador e o eventual substituto, terão mandatos de 3 (três) anos, podendo ser reconduzidos mediante aprovação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF.
Artigo 7º – A operacionalização da PSEQDNA será feita pelo Coordenador, Comitê Gestor e pelo servidor técnico da PSEQDNA.
Artigo 8º – A Comissão de Usuários será formada por 4 membros, representantes das diferentes Unidades (Institutos) da UFRJ.
Parágrafo 1º – A composição da Comissão de Usuários da PSEQDNA será definida pelo Comitê Gestor, dispensando ratificação pelo Conselho Deliberativo do IBCCF e com validade indeterminada.
Parágrafo 2º – No caso de mudança do Comitê Gestor, os novos membros deverão deliberar sobre a composição da Comissão de Usuários e, quando couber, redefini-la.
Capítulo IV
Dos deveres
Artigo 9º – Cabe ao Coordenador:
I – Gerenciar a plataforma, assegurar o atendimento dos usuários e o funcionamento dos equipamentos;
II – Autorizar o cadastramento dos usuários;
III – Realizar reuniões do Comitê Gestor para a deliberação e a informação do funcionamento da Plataforma;
IV – Representar a PSEQDNA junto aos usuários;
V – Transmitir devidamente todas as questões ao Comitê Gestor;
VI – Apresentar balancetes anuais do rateio dos gastos pela Plataforma e relatório de gerenciamento ao CD do IBCCF.
Artigo 10º – Cabe aos demais membros do Comitê Gestor:
I – Supervisionar e avaliar a gestão do Coordenador Geral;
II – Participar da constante melhoria da plataforma no que diz respeito à manutenção e ao bom funcionamento;
III – Deliberar sobre questões não previstas neste regimento.
Artigo 11º – Ao servidor técnico localizado na Plataforma cabe:
I – Cuidar da operação e manutenção dos equipamentos;
II – Gerenciar a PSEQDNA de forma a adquirir materiais necessários para sua rotina;
III – Manter a organização da plataforma;
IV – Fazer o cadastramento dos usuários;
V – Receber as amostras dos usuários;
VI – Remeter os resultados das análises.
Artigo 12º – A Comissão de Usuários da Plataforma cabe:
I – Participar da constante melhoria da unidade no que diz respeito a sugestões quanto à manutenção, ao bom uso e à garantia ao acesso;
II – Representar a PSEQDNA no contato com as demais Unidades do CCS (UFRJ);
III – Contribuir com estratégias de melhoramento da Plataforma e aquisição de novos equipamentos, tanto no que diz respeito a definição de necessidades e prioridades, como através de apoio a projetos visando obtenção de recursos financeiros para estes fins.
Capítulo V
Do acesso
Artigo 13º – O acesso à PSEQDNA é restrito à entrega de amostras. O manuseio dos equipamentos é restrito ao pessoal envolvido em sua operação, autorizado pelo Comitê Gestor.
Artigo 14º – Os usuários podem obter informações quanto às normas para entrega de material e recebimento de resultados por e-mail (sequenciamento@biof.ufrj.br).
Capítulo VI
Do rateio dos custos de manutenção
Artigo 15º – Os custos relativos a gastos com material de consumo e manutenção de equipamentos serão divididos pro rata, conforme definido pelo Comitê Gestor.
Parágrafo 1o. – A utilização da estrutura da PSEQDNA implica na concordância tácita do respectivo docente responsável quanto a sua responsabilidade de contribuir para o rateio dos custos referentes às análises realizadas.
Parágrafo 2º – As normas relativas à divisão de rateio dos gastos com material de consumo e manutenção de equipamentos estarão disponíveis para consulta na PSEQDNA.
Parágrafo 3o – Usuários e docentes responsáveis se comprometem a apoiar as iniciativas do Comitê Gestor para o suporte de manutenção preventiva e corretiva junto às agências de fomento e instâncias da Universidade.
Capítulo VII
Dos usuários
Artigo 16º – Os pesquisadores interessados deverão preencher formulário de cadastro de usuário disponível na PSEQDNA.
Parágrafo único – Somente poderão se cadastrar professores pesquisadores, sendo os alunos citados no formulário de cadastro como orientados.
Capítulo VIII
Do funcionamento
Artigo 17º – O horário de atendimento para recepção de amostras será determinado junto ao servidor técnico responsável.
Artigo 18º – Somente usuários cadastrados ou seus representantes/orientados poderão entregar amostras.
Artigo 19º – A entrega só poderá ser feita mediante preenchimento do registro de entrega amostras.
Artigo 20º – Os resultados gerados pelas análises serão gravados em mídias digitais ou enviados por mensagem eletrônica, conforme solicitação dos usuários.
Capítulo VIII
Da forma de avaliação
Artigo 21º – A PSEQDNA será avaliada anualmente pelos usuários cadastrados.
Parágrafo único – A avaliação levará em conta parâmetros como tempo de análise, qualidade do serviço e atendimento, e será feita na forma de questionário apropriado.
Artigo 22º – O Comitê Gestor avaliará anualmente o balanço do rateio dos custos da PSEQDNA.
Artigo 23º – Caberá aos usuários citar em suas produções científicas que os resultados foram realizados na PSEQDNA.
Parágrafo único – Os usuários deverão notificar as citações realizadas à coordenação da PSEQDNA para que as mesmas possam ser contabilizadas na avaliação periódica.
Capítulo IX
Disposições Gerais
Artigo 24º – Quaisquer questões não abordadas nesse Regimento serão apreciadas e resolvidas pelo Comitê Gestor e em última instância pelo CD do IBCCF.
Artigo 25º – Ficará sujeito a sanções o usuário que não cumprir este Regimento e as normas específicas estabelecidas para entrega de amostras e rateio de custos da PSEQDNA.
Parágrafo único: Estas sanções poderão variar de advertência verbal a suspensão de uso definitiva conforme estabelecido pelo Comitê Gestor.
Artigo 26º – Informações acerca da plataforma poderão ser obtidas através do endereço eletrônico: sequenciamento@biof.ufrj.br.
O Regimento Interno em formato pdf pode ser obtido para download clicando aqui.
Sequenciador automático de DNA 3500 Genetic Analyzer – Thermo Scientific
Sequenciador automático de DNA por eletroforese capilar, com módulo de análise de fragmentos.
Regras de uso: Clique aqui
Sequenciador automático de DNA SeqStudio Thermo Scientific
Sequenciador automático de DNA por eletroforese capilar com módulo de análise de fragmentos
Regras de uso: Clique aqui
Sequenciador automático de DNA Illumina MiSeq
Sequenciador de DNA de última geração
Regras de uso: clique aqui
Ana Beatriz Furlanetto Pacheco (coordenadora)
Graduada em Ciências Biológicas Modalidade Genética pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (1988), mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) (1992) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) (1997), ambos pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF) da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Atualmente é professora associado da IBCCF, UFRJ. Tem experiência na área de Genética Molecular e de Microrganismos, atuando principalmente nos seguintes temas: regulação da expressão gênica em resposta a alterações ambientais em bactérias, diversidade genética em bactérias, ecofisiologia de cianobactérias.
Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/5624223025744288
Paulo Mascarello Bisch (coordenador substituto)
Possui Bacharelado em Física pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1971), Mestrado em Física pelo Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (1974) e Doutorado em Ciências (Física) pela Universite Libre de Bruxelles, Bélgica (1980). Atualmente é Professor Titular do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Tem experiência nas áreas de Física, Físico-Química e Biofísica, com ênfase em Biofísica Molecular, Celular e de Sistema, atuando principalmente nos seguintes temas: sistemas biológicos, biologia estrutural, microscopia de força atômica, modelagem molecular, bioinformática, genômica e proteômica.
Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/5928043800446342
Polyana Silva Pereira (Biomédica)
Graduada em Biomedicina pela Universidade Federal Fluminense em 2009. Possui Mestrado e Doutorado pela Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular (PGBCM) do Instituto Oswaldo Cruz -FIOCRUZ (2016). Atualmente, Biomédica na Plataforma de Sequenciamento de DNA (PSEQDNA) do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho – UFRJ, colaboradora no Laboratório de Investigação em Microbiologia Médica (LIMM) do Instituto de Microbiologia Paulo de Goes – UFRJ e no Laboratório de Física Biológica do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF). Atua principalmente nos temas: multirresistência, infecção hospitalar, produção de carbapenemases, fatores de virulência/ patogenicidade.
Link do Lattes: http://lattes.cnpq.br/465657357704389
Sanger Sequencing – Thermo Fischer Scientific:
https://www.thermofisher.com/br/en/home/life-science/sequencing/sanger-sequencing.html
• Illumina Sequencing Methods – Illumina:
https://www.illumina.com/techniques/sequencing.html
• DNA sequencing technologies. Adams, J. (2008). Nature Education 1(1):193:
http://www.nature.com/scitable/topicpage/dna-sequencing-technologies-690
Em construção.
Para realizar o Sequenciamento Sanger ou análise de fragmentos, o usuário deverá fazer um contato inicial por e-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br. Após receber resposta, o usuário deverá entregar seu material na Plataforma de Sequenciamento de DNA, localizada no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Bloco G, 1º Pavimento, sala G1-043 (Telefone: 3938- 6531).
As demais informações relativas à entrega do material, rateio dos gastos e envio de resultados estão disponibilizadas nos documentos das regras de uso, disponíveis aqui.
Para a realização do sequenciamento em alta vazão utilizando o equipamento Illumina MiSeq, recomendamos o contato inicial com a Profa. Ana Beatriz Furlanetto Pacheco ou com a Biomedica Polyana Silva Pereira (e-mail: sequenciamento@biof.ufrj.br) para a avaliação do projeto e das metodologias recomendadas, assim como o cadastramento da equipe. As regras estão disponíveis neste link.